Skládání proteinů

Bonusová (nepovinná) týmová úloha, hodnocena až 9 body. Velikost týmu: 2 studenti.

V úloze se budete věnovat problému skládání proteinů, které jsou syntetizovány v buňkách jako dlouhé řetězce aminokyselin, které se skládají do kompakních tvarů. Jak přesně toto skládání probíhá, není vědcům zatím zcela jasné. Pod složením (anglicky folding) se zde nemyslí chemické složení, ale složení ve smyslu zavinutí řetězce aminokyselin, čímž vznikne protein (asi jako lze provázek smotat do klubíčka).

Problém je tak těžký, že i zjednodušené varianty problému jsou obtížně řešitelné. My se budeme věnovat variantě založené na skládání řetězce ve 2D čtvercové mřížce.

Vaším úkolem bude

• implementovat funkci, která pro daný (zjednodušený) řetězec aminokyselin navrhne jeho složení tak, aby vznikl tvar, který bude z jistého hlediska optimální, a
• implementovat funkci, která navržené složení zobrazí (ať už nějak textově nebo graficky).

Každý člen týmu se může soustředit na jednu úlohu, nebo může celý tým pracovat na obou úlohách najednou, to je na vás. Nicméně by bylo fajn, pokud by vám funkce pro zobrazení výsledné konfigurace pomohla při ladění algoritmu skládání.

Skupinu můžete vytvořit i s někým z jiného cvičení a stačí, když úlohu odevzdáte/vysvětlíte jako skupina na jednom cvičení.

• Bližší popis skládání proteinů.
• Specifikace a hodnocení.
• Data.
• Jak na vizualizaci.