This is the main wiki page for labs in Medical Imaging Systems (codes BAM33ZSL, BEAM33ZSL, A6M33ZSL).

Course tutors:

• Sumit Kaushik kaushsum@fel.cvut.cz
• Jiří Anýž anyzjiri@fel.cvut.cz
• Jan Šanda jan.sanda@lfmotol.cuni.cz

• Obsah cvičení bude zveřejněn v předstihu, abyste se s ním mohli seznámit v před cvičením.
• Cvičení slouží také ke konzultaci a diskuzi probírané látky z přednášek, nebojte se na cvičení zeptat, případně pošlete dotaz cvičícímu mailem
• Úkoly můžete řešit buď v MATLABu nebo v Pythonu (pokud nebudou vyžadovány specifické funkce z MATLABu)
• Jak získat školní licenci MATLABu si přečtěte zde.

• The main topic and homework assignment will be published in advance, please make yourself familiar with the current lab's topic
• Don't hesitate to ask questions, that is what the lab is designed for.
• You may write your code in MATLAB or Python (unless some specific MATLAB functions required for a task)
• We assume a basic MATLAB knowledge (more info in the last section)

• Je nutné odevzdat všechny domácí úlohy (HW01 – HW12)
• Dále je nutné získat alespoń 1 bod z každé odevzdávané úlohy.
• V součtu všech odevzdávaných úloh je potřeba získat alespoň 50% bodů z celkového počtu.

• You must submit all assigned homework tasks (HW01 – HW12)
• You must achieve at least 1 point (20% of maximum) in each homework task
• You must achieve at least 50 % of total points from all assigned homework tasks

• Úlohy vypracovávejte samostatně.
• Ke každé úloze je potřeba vypracovat zprávu, případně napsat krátký program, funkci v MATLABu (Pythonu) apod.
• Zprávy ze cvičení odevzdávejte ve formátu PDF do upload systému BRUTE nejpozději ve středu jeden týden po cvičení do 12:00.
• PDF soubor pojmenujte cvXX_FEL_id.pdf (např. cv05_herinjan.pdf), případná jména programů budou upřesněna v zadání
• Zprávy můžete psát česky nebo anglicky

• Please work individually
• Each homework always includes a written report, optionally a short program or function in MATLAB or similar
• Submit your report in a PDF format (and program codes if requested) via BRUTE Upload system, deadline for each homework is 1 week after the lab
• Use the naming scheme cvXX_FEL_id.pdf for the submitted report file, required names for code files will be specified separately in each assignment

• Za každou úlohu je možno získat maximálně 5 bodů (rozdělení bodů bude uvedené v zadání)
• Pří pozdním odevzdání se automaticky odečítá 0.5 bodu za každý den zpoždění.
• Domluva jiného harmonogramu odevzdání pro nestandardní situace (nemoc, stáž v zahraničí) je možná. U plánovaných akcí (stáž v zahraničí) je nutné se domluvit předem.
• Je možné zprávu po ohodnocení na požádání opravit, za extra kontrolu budou odečteny 2 body (např. zpráva byla odevzdána a ohodnocena 1 bodem z 5, pokud zprávu nahrajete znovu a budete žádat její opětovnou kontroly, můžete získat max 3 body)
• Pracujte samostatně – zprávy i kódy jsou kontrolovány na přítomnost plagiátů. Jak se postupuje v případech opisování si můžete přečíst zde (z textu plyne, že podmínky zápočtu uvedené nahoře, jsou nutné, nikoliv postačující).
• Vzorové zprávy si můžete prohlédnout zde, zde nebo zde.
• Každá zpráva by měla obsahovat:
  • Nadpis, jméno autora, stručný popis úlohy (viz zadání cvičení), zhodnocení s popisem postupu a závěr.

* Ilustrační obrázky, jsou-li požadovány, všechny ilustrace musí mít popisek, odkazuje se z textu na obrázek, ne naopak.

• Za nedodržení těchto pravidel pro psaní zpráv, budou strhávány body v řádu desetin (0.1-1.0) za každou z nich, pokud se chyby budou u jednotlivých studentů opakovat, budou se strhávané body postupně zvyšovat.
• Pokud bude zadána struktura (hlavička s definovanými vstupy) požadovaného M-filu (funkce) a student ji nedodrží, úloha se považuje za nesplněnou.

• There are max. 5 pts for each homework assignment, occasionally with some bonus points.
• Delayed submission leads to penalty of 0.5 pt for each 48 h delay.
• If you cannot upload within the deadline for some known reasons (illness, abroad stay), please inform the tutor in advance to avoid the penalty
• You can re-upload and request re-evaluation of your report, this comes with a penalty of 2 pts
• Work individually – reports and submitted codes are checked for plagiarism. In case of detected plagiarism, you will receive 0 pts and will be obliged to upload a corrected version.
• Each report should contain:
• a title, author name, short abstract, description of the presented solution, illustrations (if requested) and a conclusion.
• each illustration must come with a caption and should be self-explanatory.
• You must stick to the pre-defined interface of a function (M-file) if speficied

• Information about computer labs
• owncloud

Na cvičeních budete používat systém Matlab, který sdružuje prostředky pro výpočty, vizualizaci, ladění a programování numerických úloh. Jedná se o široce rozšířeným systémem pro vědecko-technicé výpočty. Je používán na více než 3500 universitách a ve stovkách velkých firem, koukněte např. sem.

Jak ho získat

Matlab není zadarmo. Nicméně studující si mohou doma pro účely studia nainstalovat multilicenci ČVUT Matlabu s pomocí hlavního přístupového hesla.

Jak začít

Předpokládáme základní znalost prostředí Matlab, pokud si znalosti chcete osvojit, doplnit či připomenout, doporučujeme následující tutoriál (cz) a další materiály z webu.

We will use Matlab for computation, visualization and other numerical calculations. Matlab is commonly used tool in research and development from academia to private companies.

How to get it

For study purposes, students are allowed to use the CTU multi-licence of Matlab on their own computers. The main CTU password is required for downloading.

How to start

Please use one of the web tutorials to freshen or improve your MATLAB experience.