This is the main wiki page for labs in Medical Imaging Systems (codes BAM33ZSL, BEAM33ZSL).

Teaching assistants:

• Jiří Anýž anyzjiri@fel.cvut.cz
• Jan Šanda jan.sanda@lfmotol.cuni.cz
• Jan Kybic kybic@fel.cvut.cz

Labs take place on Wednesdays at 9:15-10:45 or 11:00-12:30, in room KN:E-230 (Karlovo nám.).

The title in italics means there is no session in the computer lab - it is either elsewhere or canceled.

The materials (or their final version) will be provided before each lab session.

We plan for you to perform some practical experiments with ultrasound. You will work in small groups. To accommodate all of you, some of the labs will be done outside the standard hours. Please make groups of 2-3 people, see the planning page and mark a slot by either adding a comment there or sending me an email.

The following activity is not obligatory but highly recommended. If you want to participate, mark it in the table linked below (will appear in due course).

On Wednesdays 5.3. and 12.3., we will visit the Motol hospital. You will be shown some imaging devices (CT,MRI, nuclear imaging) and you are encouraged to participate in a functional MRI brain acquisition. This acquisition will be part of a research study and you will also be given your data to process them in the following computer exercises. We will go by groups, about 1/2 each week. Please see the planning table. If you are unable or unwilling to go a certain week, please inform me immediately, either by email or by adding a comment to the table. Both the visit and the acquisition is voluntary but I think it is a very interesting and unique experience and I strongly recommend it. The visit is expected to last a couple of hours (e.g. until 2pm). You should be at 11:00 in the “aula ředitelství FNM a děkanátu 2. LF UK” in the hospital. From the Motol metro station, you go straight across a little “square” (with a pharmacy and a small shop). It is not recommended to enter the hospital by other entrances as many passages are currently closed. If you get lost, call dr. Šanda (702 024 204) or Jiří Anýž (732 728 834). There will not be enough time for everybody to go to the scanner. If you want to go into the scanner, let us know or mark it in the table.

At the end of the semester, we will visit the Center for advanced preclinical imaging. They have a number of medical imaging devices, including some exotic ones line magnetic particle imaging or photoacoustic imaging, mainly for imaging small animals. More details about this visit will follow.

• Obsah cvičení bude zveřejněn v předstihu, abyste se s ním mohli seznámit v před cvičením.
• Cvičení slouží také ke konzultaci a diskuzi probírané látky z přednášek, nebojte se na cvičení zeptat, případně pošlete dotaz cvičícímu mailem
• Úkoly můžete řešit buď v MATLABu nebo v Pythonu, předpokládáme základní znalost z minulých předmětů.
• Jak získat školní licenci MATLABu si přečtěte zde.

• The main topic and homework assignment will be published in advance, please make yourself familiar with the current lab's topic
• Don't hesitate to ask questions, that is what the lab is designed for.
• You may write your code in MATLAB or Python
• We assume a basic MATLAB knowledge (more info in the last section)
• A university MATLAB licence is available.

• Je nutné odevzdat všechny domácí úlohy (HW01 – HW12)
• Dále je nutné získat alespoń 1 bod z každé odevzdávané úlohy.
• V součtu všech odevzdávaných úloh je potřeba získat alespoň 50% bodů z celkového počtu.

• You must submit all assigned homework tasks (HW01 – HW12)
• You must achieve at least 1 point (20% of maximum) in each homework task
• You must achieve at least 50 % of total points from all assigned homework tasks

• Úlohy vypracovávejte samostatně (kromě úlohy na praktický ultrazvuk).
• Ke každé úloze je potřeba vypracovat zprávu, případně napsat krátký program, funkci v MATLABu (Pythonu) apod.
• Zprávy ze cvičení odevzdávejte ve formátu PDF do upload systému BRUTE nejpozději ve středu jeden týden po cvičení do 9:00.
• PDF soubor pojmenujte cvXX_FEL_id.pdf (např. cv05_herinjan.pdf), případná jména programů budou upřesněna v zadání
• Zprávy můžete psát česky nebo anglicky

• Please work individually (except the practical ultrasound lab).
• Each homework always includes a written report, optionally a short program or function in MATLAB or similar
• Submit your report in a PDF format (and program codes if requested) via BRUTE Upload system, deadline for each homework is 1 week after the lab
• Use the naming scheme cvXX_FEL_id.pdf for the submitted report file, required names for code files will be specified separately in each assignment

• Za každou úlohu je možno získat maximálně 5 bodů (rozdělení bodů bude uvedené v zadání)
• Pří pozdním odevzdání se automaticky odečítá 0.5 bodu za každých 48h zpoždění.
• Domluva jiného harmonogramu odevzdání pro nestandardní situace (nemoc, stáž v zahraničí) je možná. U plánovaných akcí (stáž v zahraničí) je nutné se domluvit předem.
• Je možné zprávu po ohodnocení na požádání opravit, za extra kontrolu budou odečteny 2 body (např. zpráva byla odevzdána a ohodnocena 1 bodem z 5, pokud zprávu nahrajete znovu a budete žádat její opětovnou kontroly, můžete získat max 3 body)
• Pracujte samostatně – zprávy i kódy jsou kontrolovány na přítomnost plagiátů. Jak se postupuje v případech opisování si můžete přečíst zde (z textu plyne, že podmínky zápočtu uvedené nahoře, jsou nutné, nikoliv postačující).
• Vzorové zprávy si můžete prohlédnout zde, zde nebo zde.
• Každá zpráva by měla obsahovat:
  • Nadpis, jméno autora, stručný popis úlohy (viz zadání cvičení), zhodnocení s popisem postupu a závěr.
  • Ilustrační obrázky, jsou-li požadovány, všechny ilustrace musí mít popisek, odkazuje se z textu na obrázek, ne naopak.
  • Za nedodržení těchto pravidel pro psaní zpráv, budou strhávány body v řádu desetin (0.1-1.0) za každou z nich, pokud se chyby budou u jednotlivých studentů opakovat, budou se strhávané body postupně zvyšovat.
• Pokud bude zadána struktura (hlavička s definovanými vstupy) požadovaného M-filu (funkce) a student ji nedodrží, úloha se považuje za nesplněnou.

• There are max. 5 pts for each homework assignment, occasionally with some bonus points.
• Delayed submission leads to penalty of 0.5 pt for each 48 h delay.
• If you cannot upload within the deadline for some known reasons (illness, abroad stay), please inform the tutor in advance to avoid the penalty
• You can re-upload and request re-evaluation of your report, this comes with a penalty of 2 pts
• Work individually – reports and submitted codes are checked for plagiarism. In case of detected plagiarism, you will receive 0 pts and will be obliged to upload a corrected version.
• Each report should contain:
• a title, author name, short abstract, description of the presented solution, illustrations (if requested) and a conclusion.
• each illustration must come with a caption and should be self-explanatory.
• You must stick to the pre-defined interface of a function (M-file) if specified

• Information about computer labs
• owncloud

Na cvičeních budete používat systém Matlab, který sdružuje prostředky pro výpočty, vizualizaci, ladění a programování numerických úloh. Jedná se o široce rozšířeným systémem pro vědecko-technicé výpočty. Je používán na více než 3500 universitách a ve stovkách velkých firem, podívejte se např. sem.

Jak ho získat

Matlab není zadarmo. Nicméně studující si mohou doma pro účely studia nainstalovat multilicenci ČVUT Matlabu s pomocí hlavního přístupového hesla.

Jak začít

Předpokládáme základní znalost prostředí Matlab, pokud si znalosti chcete osvojit, doplnit či připomenout, doporučujeme následující tutoriál (cz) a další materiály z webu.

We will use Matlab for computation, visualization and other numerical calculations. Matlab is commonly used tool in research and development from academia to private companies.

How to get it

For study purposes, students are allowed to use the CTU multi-licence of Matlab on their own computers. The main CTU password is required for downloading.

How to start

Please use one of the web tutorials to freshen or improve your MATLAB experience.