Warning
This page is located in archive.

Program přednášek

P Datum Učitel Osnova přednášek Obsah References
1 22.2. Úvod, ukázkové problémy bioinformatiky. intro
2 1.3. JK Algoritmy pro sekvenování, optimální skládání fragmentů. assembly Nagarajan13, Compeau11
3 8.3. JK Srovnávání a zarovnávání biologických sekvencí. alignment Durbin's book, ch 2,6
4 15.3. JK Algoritmus BLAST a jeho modifikace. multi align, BLAST Altschul97
5 22.3. JK Fylogenetické stromy, využití hierarchického shlukování. phylogeny,dist_based Durbin's book, ch 7
6 29.3. JK Fylogenetické stromy, parsimony a pravděpodobnostní metoda. parsimony, probablistic Durbin's book, ch 8
7 5.4. JK Teorie markovských modelů. MC1,MC2 Durbin's book, ch 3
8 12.4. JK Modelovaní genomických sekvencí markovskými modely, vyhledávání genů, profilové HMM. HMM,applications Burge97
9 19.4. JK Analýza dat z vysoce paralelních měrení, detekce významných faktorů, prediktivní modelování. microarray Goeman07
10 26.4. JK Predikce sekundární struktury RNA RNA secondary Eddy04, Durbin's book, ch 9,10
11 3.5. Modelování vyšších struktur proteinů, proteinové databáze. structure.pdf rost.pdf
12 10.5. Genová ontologie, predikce funkcí genů/proteinů gfp-intro.pdf (do str. 23)
13 24.5. Modelování transkripčních a metabolických drah. networks.pdf,bns.pdf Sachs05

Program cvičení

Cvičení Datum Učitel Osnova cvičení Obsah
1 22.2. FM Úvod do předmětu. Přehled semestrálních prací. Biologický základ. Zadání samostatné práce: WEB SEARCH. bin_cv_1.pdf,bin_2014_tutorial_1.pdf, bin_2017_assignment_1.pdf
2 1.3. PR de Bruijn a Overlap grafy, Velvet tutorial Tutorial 2
3 8.3. PR Zarovnávání sekvencí DNA. Zadání samostatné práce: SEQUENCE ALIGNMENT. Tutorial 3, bin_assignment2.zip
4 15.3. PR BLAST, Star alignment, Clustal Omega. Tutorial 4
5 22.3. FM Fylogenetické stromy. Odevzdání samostatné práce: SEQUENCE ALIGNMENT. upgmanj.zip
6 29.3. FM Fylogenetické stromy. Odevzdání samostatné práce: SEQUENCE ALIGNMENT.
7 5.4. FM Pozorovatelné markovské modely. Samostatná práce CpG-ISLAND RECOGNITION markov_chains_tutorial.pdf,data.zip
8 12.4. FM Skryté markovské modely. Zadání samostatné práce GENE FINDING. hmm_cv.pdf, assignment_gene_finding.pdf seq_8.zip
9 19.4. FM Skryté markovské modely. Odevzdání samostatné práce CpG-ISLAND RECOGNITION. Konzultace samostatné práce GENE FINDING.
10 26.4. JB Genová exprese. Zadání samostatné práce GENE EXPRESSION. ge_assignment.zip,ge_seminar.pdf
11 3.5. JB Struktura proteinů, práce s programem Modeller.
12 10.5. JB Gene Ontology; Predikce funkcí proteinů pomocí Propozicionalizace
13 17.5. Úterní výuka, lichý týden. Odevzdání samostatné práce: GENE FINDING, GENE EXPRESSION.
14 24.5. Rezerva (letos nevyužito, cvičení se nekoná)

Bodování samostatných prací

Práce Body
WEB SEARCH 5.b
SEQUENCE ALIGNMENT 15.b
CpG-ISLAND RECOGNITION 5.b
GENE FINDING 15.b
GENE EXPRESSION 10.b
courses/bin/program.txt · Last modified: 2018/05/24 10:12 by barvijac