CourseWare Wiki
Switch Term
Summer 2023 / 2024
Summer 2022 / 2023
Summer 2021 / 2022
Summer 2020 / 2021
Summer 2019 / 2020
Summer 2018 / 2019
Summer 2017 / 2018
Search
Log In
b172
courses
bin
program
Warning
This page is located in archive. Go to the latest version of this
course pages
. Go the latest version of
this page
.
Table of Contents
Program přednášek
Program cvičení
Bodování samostatných prací
Program přednášek
P
Datum
Učitel
Osnova přednášek
Obsah
References
1
22.2.
FŽ
Úvod, ukázkové problémy bioinformatiky.
intro
2
1.3.
JK
Algoritmy pro sekvenování, optimální skládání fragmentů.
assembly
Nagarajan13
,
Compeau11
3
8.3.
JK
Srovnávání a zarovnávání biologických sekvencí.
alignment
Durbin's book, ch 2,6
4
15.3.
JK
Algoritmus BLAST a jeho modifikace.
multi align
,
BLAST
Altschul97
5
22.3.
JK
Fylogenetické stromy, využití hierarchického shlukování.
phylogeny
,
dist_based
Durbin's book, ch 7
6
29.3.
JK
Fylogenetické stromy, parsimony a pravděpodobnostní metoda.
parsimony
,
probablistic
Durbin's book, ch 8
7
5.4.
JK
Teorie markovských modelů.
MC1
,
MC2
Durbin's book, ch 3
8
12.4.
JK
Modelovaní genomických sekvencí markovskými modely, vyhledávání genů, profilové HMM.
HMM
,
applications
Burge97
9
19.4.
JK
Analýza dat z vysoce paralelních měrení, detekce významných faktorů, prediktivní modelování.
microarray
Goeman07
10
26.4.
JK
Predikce sekundární struktury RNA
RNA secondary
Eddy04
, Durbin's book, ch 9,10
11
3.5.
FŽ
Modelování vyšších struktur proteinů, proteinové databáze.
structure.pdf
rost.pdf
12
10.5.
FŽ
Genová ontologie, predikce funkcí genů/proteinů
gfp-intro.pdf
(do str. 23)
13
24.5.
FŽ
Modelování transkripčních a metabolických drah.
networks.pdf
,
bns.pdf
Sachs05
Program cvičení
Cvičení
Datum
Učitel
Osnova cvičení
Obsah
1
22.2.
FM
Úvod do předmětu. Přehled semestrálních prací. Biologický základ. Zadání samostatné práce: WEB SEARCH.
bin_cv_1.pdf
,
bin_2014_tutorial_1.pdf
,
bin_2017_assignment_1.pdf
2
1.3.
PR
de Bruijn a Overlap grafy, Velvet tutorial
Tutorial 2
3
8.3.
PR
Zarovnávání sekvencí DNA. Zadání samostatné práce: SEQUENCE ALIGNMENT.
Tutorial 3
,
bin_assignment2.zip
4
15.3.
PR
BLAST, Star alignment, Clustal Omega.
Tutorial 4
5
22.3.
FM
Fylogenetické stromy. Odevzdání samostatné práce: SEQUENCE ALIGNMENT.
upgmanj.zip
6
29.3.
FM
Fylogenetické stromy. Odevzdání samostatné práce: SEQUENCE ALIGNMENT.
7
5.4.
FM
Pozorovatelné markovské modely. Samostatná práce CpG-ISLAND RECOGNITION
markov_chains_tutorial.pdf
,
data.zip
8
12.4.
FM
Skryté markovské modely. Zadání samostatné práce GENE FINDING.
hmm_cv.pdf
,
assignment_gene_finding.pdf
seq_8.zip
9
19.4.
FM
Skryté markovské modely. Odevzdání samostatné práce CpG-ISLAND RECOGNITION. Konzultace samostatné práce GENE FINDING.
10
26.4.
JB
Genová exprese. Zadání samostatné práce GENE EXPRESSION.
ge_assignment.zip
,
ge_seminar.pdf
11
3.5.
JB
Struktura proteinů, práce s programem Modeller.
12
10.5.
JB
Gene Ontology; Predikce funkcí proteinů pomocí Propozicionalizace
13
17.5.
Úterní výuka, lichý týden. Odevzdání samostatné práce: GENE FINDING, GENE EXPRESSION.
14
24.5.
Rezerva (letos nevyužito, cvičení se nekoná)
Bodování samostatných prací
Práce
Body
WEB SEARCH
5.b
SEQUENCE ALIGNMENT
15.b
CpG-ISLAND RECOGNITION
5.b
GENE FINDING
15.b
GENE EXPRESSION
10.b
courses/bin/program.txt
· Last modified: 2018/05/24 10:12 by
barvijac