Search
První cvičení obsahuje dvě části. V první se seznámíme s prostřením MATLAB pomocí několika úloh, v té druhé se budeme zabývat problematikou segmentace v prostření programu Fiji.
Během cvičení budeme používat MATLAB. Je vhodné, abyste se seznámili s tímto programem a se základy jeho využití, jelikož cvičení mohou být často náročné. Cílem cvičení není trávit příliš mnoho času samotným programováním, ale soustředit se na porozumění tématu a danou úlohu následně pomocí MATLABu efektivně splnit.
Pro případ, že si nejste příliš jisti svými dovednostmi v MATLABu, zde je několik užitečných odkazů:
help ops % krátká nápověda MATLAB doc sum % dokumentace pro funkci sum lookfor transponovat % vyhledá řetězec v dokumentaci
Vypracujte následující bodu zadání, již během cvičení. Hodnocené jsou úlohy 2.-4., za každou lze získat 1 bod.
V následující části si prakticky vyzkoušíme segmentaci mikroskopických obrázků v programu Fiji. Metodu následně aplikujte na následující 3 obrázky 5057.png, 5140.png a 5830.png. Do zprávy stručně popište postup včetně zvolených parametrů, vložte obrázky ilustrující postup a také výsledné obrázky.
Fiji (Fiji Is Just ImageJ) je Open Source balíček pro zpracování obrazu založený na ImageJ, pěkný popis je na wiki.
Hlavním účelem Fiji je poskytnout distribuci ImageJ s mnoha užitečnými pluginy. Paralela vztahu mezi Fiji a ImageJ je například jako vztah Ubuntu a Linuxu. Dalším cílem Fiji je poskytnout uživatelům ucelenou strukturu nabídek, rozsáhlé dokumentace ve formě podrobných popisů a návodů algoritmů tak, aby se vyhnul nutnosti instalovat více komponent z různých zdrojů. Pro získání základní znalosti Fiji si projděte některý z tutoriálů nebo detailnější manuál k ImageJ.
Úkol: Nejprve si všechny obrázky převedeme na šedotónové, pak pomocí prahování oddělíme popředí od pozadí a nakonec pomocí základních morfologických operací a rozvodí oddělíme jednotlivé objekty které následně spočítáme.
Postup:
Vytváření maker ve Fiji:
Pro praktické použití není příliš vhodné dělat takovéto segmentování a počítání objektů proto každý obrázek zvláště, proto se v praxi používají již hotové funkce nebo makra (sekvence po sobě jdoucích příkazů). Pro zajímavost si vytvořte takovéto makro pro počítání objektů ve Fiji. Návod jak psát makra ve Fiji naleznete zde.
Jednodušší možnost jako vytvářet makra ve Fiji je si nahrát dané příkazy pomocí funkce Plugins → Macros → Record.., které vám otevře nové okno a ve kterém se postupně zapisují všechny vaše použité příkazy. Nyní tedy můžete projít celý postup znovu a nakonec makro uložíte.
Pro další použití aktivujete vaše makro Plugins → Macros → Install.. (zde vyberete vaše makro) a dále na nově otevřený obrázek je jen stačí zavolat Plugins → Macros → <jmenoVasehoMakra>.