CourseWare Wiki
Search
Log In
old
courses
a6m33bin
program
Warning
This page is located in archive.
Table of Contents
Program přednášek
Program cvičení
Bodování samostatných prací
Program přednášek
P
Datum
Učitel
Osnova přednášek
Obsah
References
1
23.2.
JK
Úvod, ukázkové problémy bioinformatiky.
intro
2
2.3.
JK
Algoritmy pro sekvenování, optimální skládání fragmentů.
assembly
Nagarajan13
,
Compeau11
3
9.3.
JK
Srovnávání a zarovnávání biologických sekvencí.
alignment
Durbin's book
4
16.3.
JK
Algoritmus BLAST a jeho modifikace.
multi align
,
BLAST
Altschul97
5
23.3.
JK
Fylogenetické stromy, využití hierarchického shlukování.
phylogeny
,
dist_based
Durbin's book
6
30.3.
JK
Fylogenetické stromy, parsimony a pravděpodobnostní metoda.
parsimony
,
probablistic
Durbin's book
7
6.4.
JK
Teorie markovských modelů.
MC1
,
MC2
Durbin's book
8
13.4.
JK
Modelovaní genomických sekvencí markovskými modely, vyhledávání genů, profilové HMM.
HMM
,
applications
Burge97
9
20.4.
JK
Analýza dat z vysoce paralelních měrení, detekce významných faktorů, prediktivní modelování.
microarray
Goeman07
10
27.4.
JK
(náhrada)
11
4.5.
FŽ
Modelování vyšších struktur proteinů, proteinové databáze.
structure.pdf
rost.pdf
12
18.5.
FŽ
Genová ontologie, predikce funkcí genů/proteinů
gfp-intro.pdf
(do str. 23)
13
25.5.
FŽ
Modelování transkripčních a metabolických drah.
networks.pdf
,
bns.pdf
Sachs05
Program cvičení
Cvičení
Datum
Osnova cvičení
Obsah
1
23.2.
Úvod do předmětu. Přehled semestrálních prací. Biologický základ. Zadání samostatné práce: WEB SEARCH.
bin_cv_1.pdf
,
bin_2014_tutorial_1.pdf
,
bin_2017_assignment_1.pdf
2
2.3.
de Bruijn a Overlap grafy, Velvet tutorial
velvet_tutorial.zip
3
9.3.
Zarovnávání sekvencí DNA. Zadání samostatné práce: SEQUENCE ALIGNMENT.
bin_2014_tutorial_2.pdf
,
alignmentr.zip
,
bin_assignment2.zip
4
16.3.
BLAST, Star alignment, Clustal Omega.
multiplealignment_cv.r.zip
5
23.3.
Fylogenetické stromy. Odevzdání samostatné práce: SEQUENCE ALIGNMENT.
upgmanj.zip
6
30.3.
Fylogenetické stromy. Odevzdání samostatné práce: SEQUENCE ALIGNMENT.
7
6.4.
Pozorovatelné markovské modely. Samostatná práce CpG-ISLAND RECOGNITION
markov_chains_tutorial.pdf
,
data.zip
8
13.4.
Skryté markovské modely. Zadání samostatné práce GENE FINDING.
hmm_cv.pdf
,
assignment_gene_finding.pdf
seq_8.zip
9
20.4.
Skryté markovské modely. Odevzdání samostatné práce CpG-ISLAND RECOGNITION. Konzultace samostatné práce GENE FINDING.
10
27.4.
Genová exprese. Zadání samostatné práce GENE EXPRESSION.
ge_assignment.zip
,
ge_seminar.pdf
11
4.5.
12
11.5.
výuka dle čtvrtečního rozvrhu
13
18.5.
Motivační příklady, zajímavosti (Gene networks, optogenetics…). Odevzdání samostatné práce: GENE FINDING, GENE EXPRESSION.
14
25.5.
Zápočty
Bodování samostatných prací
Práce
Body
WEB SEARCH
5.b
SEQUENCE ALIGNMENT
15.b
CpG-ISLAND RECOGNITION
5.b
GENE FINDING
15.b
GENE EXPRESSION
10.b
courses/a6m33bin/program.txt
· Last modified: 2017/09/25 11:06 by
klema