P | Datum | Učitel | Osnova přednášek | Obsah | References |
---|---|---|---|---|---|
1 | 22.2. | FŽ | Úvod, ukázkové problémy bioinformatiky. | intro | |
2 | 1.3. | JK | Algoritmy pro sekvenování, optimální skládání fragmentů. | assembly | Nagarajan13, Compeau11 |
3 | 8.3. | JK | Srovnávání a zarovnávání biologických sekvencí. | alignment | Durbin's book, ch 2,6 |
4 | 15.3. | JK | Algoritmus BLAST a jeho modifikace. | multi align, BLAST | Altschul97 |
5 | 22.3. | JK | Fylogenetické stromy, využití hierarchického shlukování. | phylogeny,dist_based | Durbin's book, ch 7 |
6 | 29.3. | JK | Fylogenetické stromy, parsimony a pravděpodobnostní metoda. | parsimony, probablistic | Durbin's book, ch 8 |
7 | 5.4. | JK | Teorie markovských modelů. | MC1,MC2 | Durbin's book, ch 3 |
8 | 12.4. | JK | Modelovaní genomických sekvencí markovskými modely, vyhledávání genů, profilové HMM. | HMM,applications | Burge97 |
9 | 19.4. | JK | Analýza dat z vysoce paralelních měrení, detekce významných faktorů, prediktivní modelování. | microarray | Goeman07 |
10 | 26.4. | JK | Predikce sekundární struktury RNA | RNA secondary | Eddy04, Durbin's book, ch 9,10 |
11 | 3.5. | FŽ | Modelování vyšších struktur proteinů, proteinové databáze. | structure.pdf | rost.pdf |
12 | 10.5. | FŽ | Genová ontologie, predikce funkcí genů/proteinů | gfp-intro.pdf (do str. 23) | |
13 | 24.5. | FŽ | Modelování transkripčních a metabolických drah. | networks.pdf,bns.pdf | Sachs05 |
Cvičení | Datum | Učitel | Osnova cvičení | Obsah |
---|---|---|---|---|
1 | 22.2. | FM | Úvod do předmětu. Přehled semestrálních prací. Biologický základ. Zadání samostatné práce: WEB SEARCH. | bin_cv_1.pdf,bin_2014_tutorial_1.pdf, bin_2017_assignment_1.pdf |
2 | 1.3. | PR | de Bruijn a Overlap grafy, Velvet tutorial | Tutorial 2 |
3 | 8.3. | PR | Zarovnávání sekvencí DNA. Zadání samostatné práce: SEQUENCE ALIGNMENT. | Tutorial 3, bin_assignment2.zip |
4 | 15.3. | PR | BLAST, Star alignment, Clustal Omega. | Tutorial 4 |
5 | 22.3. | FM | Fylogenetické stromy. Odevzdání samostatné práce: SEQUENCE ALIGNMENT. | upgmanj.zip |
6 | 29.3. | FM | Fylogenetické stromy. Odevzdání samostatné práce: SEQUENCE ALIGNMENT. | |
7 | 5.4. | FM | Pozorovatelné markovské modely. Samostatná práce CpG-ISLAND RECOGNITION | markov_chains_tutorial.pdf,data.zip |
8 | 12.4. | FM | Skryté markovské modely. Zadání samostatné práce GENE FINDING. | hmm_cv.pdf, assignment_gene_finding.pdf seq_8.zip |
9 | 19.4. | FM | Skryté markovské modely. Odevzdání samostatné práce CpG-ISLAND RECOGNITION. Konzultace samostatné práce GENE FINDING. | |
10 | 26.4. | JB | Genová exprese. Zadání samostatné práce GENE EXPRESSION. | ge_assignment.zip,ge_seminar.pdf |
11 | 3.5. | JB | Struktura proteinů, práce s programem Modeller. | |
12 | 10.5. | JB | Gene Ontology; Predikce funkcí proteinů pomocí Propozicionalizace | |
13 | 17.5. | Úterní výuka, lichý týden. Odevzdání samostatné práce: GENE FINDING, GENE EXPRESSION. | ||
14 | 24.5. | Rezerva (letos nevyužito, cvičení se nekoná) |
Práce | Body |
---|---|
WEB SEARCH | 5.b |
SEQUENCE ALIGNMENT | 15.b |
CpG-ISLAND RECOGNITION | 5.b |
GENE FINDING | 15.b |
GENE EXPRESSION | 10.b |