courses:a6m33bin:program

P	Datum	Učitel	Osnova přednášek	Obsah	References
1	23.2.	JK	Úvod, ukázkové problémy bioinformatiky.	intro
2	2.3.	JK	Algoritmy pro sekvenování, optimální skládání fragmentů.	assembly	Nagarajan13, Compeau11
3	9.3.	JK	Srovnávání a zarovnávání biologických sekvencí.	alignment	Durbin's book
4	16.3.	JK	Algoritmus BLAST a jeho modifikace.	multi align, BLAST	Altschul97
5	23.3.	JK	Fylogenetické stromy, využití hierarchického shlukování.	phylogeny,dist_based	Durbin's book
6	30.3.	JK	Fylogenetické stromy, parsimony a pravděpodobnostní metoda.	parsimony, probablistic	Durbin's book
7	6.4.	JK	Teorie markovských modelů.	MC1,MC2	Durbin's book
8	13.4.	JK	Modelovaní genomických sekvencí markovskými modely, vyhledávání genů, profilové HMM.	HMM,applications	Burge97
9	20.4.	JK	Analýza dat z vysoce paralelních měrení, detekce významných faktorů, prediktivní modelování.	microarray	Goeman07
10	27.4.	JK	(náhrada)
11	4.5.	FŽ	Modelování vyšších struktur proteinů, proteinové databáze.	structure.pdf	rost.pdf
12	18.5.	FŽ	Genová ontologie, predikce funkcí genů/proteinů	gfp-intro.pdf (do str. 23)
13	25.5.	FŽ	Modelování transkripčních a metabolických drah.	networks.pdf,bns.pdf	Sachs05

Cvičení	Datum	Osnova cvičení	Obsah
1	23.2.	Úvod do předmětu. Přehled semestrálních prací. Biologický základ. Zadání samostatné práce: WEB SEARCH.	bin_cv_1.pdf,bin_2014_tutorial_1.pdf, bin_2017_assignment_1.pdf
2	2.3.	de Bruijn a Overlap grafy, Velvet tutorial	velvet_tutorial.zip
3	9.3.	Zarovnávání sekvencí DNA. Zadání samostatné práce: SEQUENCE ALIGNMENT.	bin_2014_tutorial_2.pdf, alignmentr.zip, bin_assignment2.zip
4	16.3.	BLAST, Star alignment, Clustal Omega.	multiplealignment_cv.r.zip
5	23.3.	Fylogenetické stromy. Odevzdání samostatné práce: SEQUENCE ALIGNMENT.	upgmanj.zip
6	30.3.	Fylogenetické stromy. Odevzdání samostatné práce: SEQUENCE ALIGNMENT.
7	6.4.	Pozorovatelné markovské modely. Samostatná práce CpG-ISLAND RECOGNITION	markov_chains_tutorial.pdf,data.zip
8	13.4.	Skryté markovské modely. Zadání samostatné práce GENE FINDING.	hmm_cv.pdf, assignment_gene_finding.pdf seq_8.zip
9	20.4.	Skryté markovské modely. Odevzdání samostatné práce CpG-ISLAND RECOGNITION. Konzultace samostatné práce GENE FINDING.
10	27.4.	Genová exprese. Zadání samostatné práce GENE EXPRESSION.	ge_assignment.zip,ge_seminar.pdf
11	4.5.
12	11.5.	výuka dle čtvrtečního rozvrhu
13	18.5.	Motivační příklady, zajímavosti (Gene networks, optogenetics…). Odevzdání samostatné práce: GENE FINDING, GENE EXPRESSION.
14	25.5.	Zápočty