===== Cvičení / Lab organization =====
This is the main wiki page for labs in Medical Imaging Systems (codes BAM33ZSL, BEAM33ZSL, A6M33ZSL).
/*
Because of COVID, the labs will probably take place remotely though [[https://bigbluebutton.org/|BigBlueButton]]. You will find the link to connect in [[https://cw.felk.cvut.cz/brute|BRUTE]]. They take place on **Wednesdays 11:00-12:30**. The first lab/tutorial will take place at the planned time (Wednesday, February 17, 11:00-12:30)
*/
/* Labs take place after the lecture, in room **KN:E-132** (Karlovo nám.). */
**Course tutors:**
* Sumit Kaushik /* Jan Hering (JHe) */
* Jiří Anýž
* Jan Šanda
==== Plán cvičení (Timetable and topics) ====
^No. ^ Date ^ Lecturer ^ Topic ^ Homework ^
^ 1.| Wed 16.2.| JS, JA, SK | fMRI acquisition in Motol hospital | [[courses:zsl:labs2022_01_matlab| Matlab intro.]]|
^ 2.| Wed 23.2.| JS, SK | fMRI acquisition in Motol hospital | [[courses:zsl:labs2022_02_matlabCellSeg| Matlab cell segmentation ]] |
^ 3.| Wed 02.3.| JS, SK | fMRI acquisition in Motol hospital | [[courses:zsl:labs2022_03_matlab_statistics| Matlab statistical test: t-test]]|
^ 4.| Wed 09.3.| SK | Microscopy |see the page for homework: [[courses:zsl:labs2022_04_microscopy |Microscopy]] |
^ 5.| Wed 16.3.| JS, SK | fMRI processing, part 1 {{ :courses:zsl:zpracovani_fmr.pdf | in Czech}} and in {{ :courses:zsl:fmr_1.pdf |English}}. Please install [[https://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/software/spm12|SPM12]] and download the {{http://ptak.felk.cvut.cz/Medical/vyuka/fMRI/fMR_data.zip | data}}. On the lab computers, SPM12 is installed in /opt/MATLAB/spm12 and it is enough to add the path.| |
^ 6.| Wed 23.3.| JS, SK | fMRI processing, {{ :courses:zsl:fmr_2.pdf |part 2}} |see last page of the {{ :courses:zsl:fmr_2.pdf |lab notes}}. For questions about fMRI processing, please contact Jan Šanda. For administrative matters, problems with uploading the reports etc., please contact Sumit Kaushik. |
^ 7.| Wed 30.3.| SK | Diffusion tensor MRI (DT-MRI) | see the page for homework: [[courses:zsl:labs2022_07_dtmri|DTMRI ]] |
^ 8.| Wed 06.4.| JA | CT segmentation | see the page for homework: [[courses:zsl:labs2020_03_ctimages|CT segmentation]] |
^ 9.| Wed 13.4.| JA | CT forward and backward projection |see the page for homework: [[courses:zsl:labs2020_04_fwdproj | CTForward_Backward_Projection ]] |
^ 10.| Wed 20.4.| JA | CT Reconstruction | see the page for homework:[[courses:zsl:labs2020_06_iterrecon | CT ART]] |
^ 11.| Wed 27.4.| JA | Ultrasound- theory | see the page for homework [[courses:zsl:labs2020_07_ultrasound|Ultrasound theory]] |
^ 12.| Wed 04.5.| JA | Ultrasound scanner properties - IMPORTANT practical measurements with US device, no class this week in E132 | [[https://docs.google.com/document/d/1OH_FjVY0CO9YobKwNhTBMTcvUXLKifXuhy6H7h1tfGA|instructions]], [[https://docs.google.com/spreadsheets/d/1GWSfNMVI2E74kU9DIplCfp0TMepR4Joz7XijwPaisBg|reservation table]] |
^ | Wed 11.5. | | Rector's day (no classes)| |
^ 13.| Wed 18.5.| JA | Test practice-Q&A | |
==== Náplň a průběh cvičení (General information) ====
* Obsah cvičení bude zveřejněn v předstihu, abyste se s ním mohli seznámit v před cvičením.
* Cvičení slouží také ke konzultaci a diskuzi probírané látky z přednášek, nebojte se na cvičení zeptat, případně pošlete dotaz cvičícímu mailem
* Úkoly můžete řešit buď v MATLABu nebo v Pythonu (pokud nebudou vyžadovány specifické funkce z MATLABu)
* Jak získat školní licenci MATLABu si přečtěte [[courses:a4b33opt:cviceni:matlab|zde]].
* //The main topic and homework assignment will be published in advance, please make yourself familiar with the current lab's topic//
* //Don't hesitate to ask questions, that is what the lab is designed for. //
* //You may write your code in MATLAB or Python (unless some specific MATLAB functions required for a task)//
* //We assume a basic MATLAB knowledge (more info in the last section)//
==== Podmínky pro získání zápočtu (Assessment requirements) ====
* Je nutné odevzdat **všechny** domácí úlohy (HW01 -- HW12)
* Dále je nutné získat **alespoń 1 bod z každé** odevzdávané úlohy.
* V součtu všech odevzdávaných úloh je potřeba získat **alespoň 50% bodů z celkového počtu**.
* //You must submit **all** assigned homework tasks (HW01 -- HW12)//
* //You must achieve **at least 1 point** (20% of maximum) in each homework task //
* //You must achieve **at least 50 % of total points** from all assigned homework tasks//
==== Domácí úlohy (Homework) ====
* Úlohy vypracovávejte samostatně.
* Ke každé úloze je potřeba vypracovat zprávu, případně napsat krátký program, funkci v MATLABu (Pythonu) apod.
* Zprávy ze cvičení odevzdávejte ve formátu **PDF** do [[https://cw.felk.cvut.cz/brute/student| upload systému BRUTE]] nejpozději ve **středu jeden týden po cvičení do 12:00**.
* PDF soubor pojmenujte cv//XX//_//FEL_id//.pdf (např. cv05_herinjan.pdf), případná jména programů budou upřesněna v zadání
* Zprávy můžete psát česky nebo anglicky
* //Please work individually//
* //Each homework always includes a written report, optionally a short program or function in MATLAB or similar//
* //Submit your report in a **PDF** format (and program codes if requested) via [[https://cw.felk.cvut.cz/brute/student| BRUTE Upload system]], deadline for each homework is 1 week after the lab//
* //Use the naming scheme cv//XX//_//FEL_id//.pdf for the submitted report file, required names for code files will be specified separately in each assignment//
==== Hodnocení úloh (Homework grading) ====
* Za každou úlohu je možno získat maximálně **5 bodů** (rozdělení bodů bude uvedené v zadání)
* Pří pozdním odevzdání se automaticky odečítá **0.5 bodu** za **každý den** zpoždění.
* Domluva jiného harmonogramu odevzdání pro nestandardní situace (nemoc, stáž v zahraničí) je možná. U plánovaných akcí (stáž v zahraničí) je nutné se domluvit **předem**.
* Je možné zprávu po ohodnocení na požádání opravit, za extra kontrolu budou odečteny 2 body (např. zpráva byla odevzdána a ohodnocena 1 bodem z 5, pokud zprávu nahrajete znovu a budete žádat její opětovnou kontroly, můžete získat max 3 body)
* Pracujte samostatně -- zprávy i kódy jsou kontrolovány na přítomnost **plagiátů**. Jak se postupuje v případech opisování si můžete přečíst [[http://cw.felk.cvut.cz/doku.php/help/common/plagiaty_opisovani|zde]] (z textu plyne, že podmínky zápočtu uvedené nahoře, jsou nutné, nikoliv postačující).
* **Vzorové zprávy** si můžete prohlédnout {{:courses:a6m33zsl:vzor-zpravabalco.pdf|zde}}, {{:courses:a6m33zsl:vzor-zpravajirik.pdf|zde}} nebo {{:courses:a6m33zsl:vzor-zpravakrizova.pdf|zde}}.
* Každá zpráva by měla obsahovat:
* Nadpis, jméno autora, stručný popis úlohy (viz zadání cvičení), zhodnocení s popisem postupu a závěr.
* Ilustrační obrázky, jsou-li požadovány, všechny ilustrace musí mít popisek, odkazuje se z textu na obrázek, ne naopak.
* Za nedodržení těchto pravidel pro psaní zpráv, budou strhávány body v řádu desetin (0.1-1.0) za každou z nich, pokud se chyby budou u jednotlivých studentů opakovat, budou se strhávané body postupně zvyšovat.
* Pokud bude zadána struktura (hlavička s definovanými vstupy) požadovaného M-filu (funkce) a student ji nedodrží, úloha se považuje za nesplněnou.
* //There are max. **5 pts** for each homework assignment, occasionally with some bonus points.//
* //Delayed submission leads to penalty of **0.5 pt** for **each 48 h** delay.//
* //If you cannot upload within the deadline for some known reasons (illness, abroad stay), please inform the tutor **in advance** to avoid the penalty//
* //You can re-upload and request re-evaluation of your report, this comes with a penalty of **2 pts**//
* //Work individually -- reports and submitted codes are checked for **plagiarism**. In case of detected plagiarism, you will receive **0 pts** and will be obliged to upload a corrected version.//
* //Each report should contain: //
* //a title, author name, short abstract, description of the presented solution, illustrations (if requested) and a conclusion.//
* //each illustration must come with a caption and should be self-explanatory.//
* //You must stick to the pre-defined interface of a function (M-file) if speficied//
==== Lab equipment ====
* [[https://cyber.felk.cvut.cz/study/computer-labs/|Information about computer labs]]
* [[https://owncloud.cesnet.cz| owncloud ]]
==== MATLAB ====
Na cvičeních budete používat systém [[http://www.mathworks.com/products/matlab|Matlab]], který sdružuje prostředky pro výpočty, vizualizaci, ladění a programování numerických úloh. Jedná se o široce rozšířeným systémem pro vědecko-technicé výpočty. Je používán na více než 3500 universitách a ve stovkách velkých firem, koukněte např. [[http://www.iflscience.com/technology/40-tech-skills-that-will-land-you-an-82000plus-salary/all/|sem]].
** Jak ho získat **
Matlab není zadarmo. Nicméně studující si mohou doma pro účely studia nainstalovat [[http://download.cvut.cz|multilicenci ČVUT]] Matlabu
s pomocí hlavního přístupového hesla.
**Jak začít **
Předpokládáme základní **znalost prostředí Matlab**, pokud si znalosti chcete osvojit, doplnit či připomenout, doporučujeme následující
{{ :courses:zsl:matlab-tutorial.pdf | tutoriál}} (cz) a další materiály z [[https://www.google.cz/webhp#newwindow=1&safe=off&q=Matlab+tutorials|webu]].
//
We will use [[http://www.mathworks.com/products/matlab|Matlab]] for computation, visualization and other numerical calculations. Matlab is commonly used tool in research and development from academia to private companies. //
// **How to get it **//
//For study purposes, students are allowed to use the [[http://download.cvut.cz| CTU multi-licence]] of Matlab on their own computers. The main CTU password is required for downloading.//
// **How to start**//
//Please use one of the [[https://www.mathworks.com/support/learn-with-matlab-tutorials.html|web tutorials]] to freshen or improve your MATLAB experience. //