https://cw.fel.cvut.cz/b202/ 2026-04-22T04:34:11+0200 https://cw.fel.cvut.cz/b202/ https://cw.fel.cvut.cz/b202/lib/tpl/bulma-cw/images/favicon.ico text/html 2021-04-30T08:30:44+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://cw.fel.cvut.cz/b202/courses/zsl/labs?rev=1619764244&do=diff Cvičení / Lab organization This is the main wiki page for labs in Medical Imaging Systems (codes BAM33ZSL, BEAM33ZSL, A6M33ZSL). Because of COVID, the labs will probably take place remotely though BigBlueButton. You will find the link to connect in BRUTE. They take place on text/html 2021-02-03T10:43:05+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://cw.fel.cvut.cz/b202/courses/zsl/labs2019_01_matlab?rev=1612345385&do=diff Lab 01 : Introduction / MATLAB Topics: HW01 Assignment Homework HW01 has two sub-tasks, follow the emphasized links to get to the detailed description. [2 pts][3 pts] Upload your report in PDF format to BRUTE to the assignment L01-matlab. Please name the PDF file as $y = -3 \cdot x + 1$$Y = A \cdot X$$A$$B = X \backslash Y$$z = \frac{\sin(\sqrt(x^2 + y^2))}{\sqrt(x^2 + y^2))}$$x, y \in (-15, 15)$$z = \sin(5*x) + \cos(4*y)$$x, y \in (-3, 3)$ text/html 2021-02-23T16:26:29+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://cw.fel.cvut.cz/b202/courses/zsl/labs2020_02_microscopy?rev=1614093989&do=diff Lab 02 : Microscopy Topics: ExercisesStain normalization HW02 Assignment Homework HW02 has two parts, detailed description follows: [2 pts][3 pts] (A) Excercises Important equations optical distance$d = 250 mm$magnification$Z = \frac{y'}{y} = -\frac{a'}{a}$lense maker's formula$\frac{1}{a} + \frac{1}{a'} = \frac{1}{f}$$a, a'$magnification of a microscope$$ Z = \frac{\Delta}{f_{ob}} \frac{d}{f_{oc}} $$$d = 1.22 \cdot \frac{\lambda}{2 \cdot NA}$$f=0.1~m, y=0.06~m, a=0.12~m$$Z = \frac{y'}{y} =… text/html 2021-03-03T12:04:41+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://cw.fel.cvut.cz/b202/courses/zsl/labs2020_03_ctimages?rev=1614769481&do=diff Lab 03 : CT Images Topics: VisualizationClassification HW03 Homework [3 pts][2 pts] (A) CT Data Processing Download the [ MITK Workbench] application. Load the testing image . Optionally you can try data lowdose_CT.nii.gz from <https://cmp.felk.cvut.cz/~herinjan/dt45knp3/>, if the data are too large for your PC to process, you can try the smaller $[W_l, W_u]$$W_l$$W_u$$[W_l, W_u]$$(W_u + W_l) / 2$$W_u - W_l$$I(x,y)$$\theta_l \leq I(x, y) \leq \theta_u$ text/html 2021-03-09T14:24:28+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://cw.fel.cvut.cz/b202/courses/zsl/labs2020_04_fwdproj?rev=1615296268&do=diff Lab 04 : CT Reconstruction, forward projection Topics: -- HW04 Assignment The homework has four consecutive parts. When completed, you will have your own implementation of the forward projection ( Radon transform) used in CT imaging. A set of projections with varying direction $\theta$$x, y$$p$$q$$p$$q$$\theta$\begin{align} p &=& x \cdot \cos \theta + y \cdot \sin \theta \\ q &=& -x \cdot \sin \theta + y \cdot \cos \theta \end{align}$[-p_m, p_m] \times [-q_m, q_m]$$(x, y) \in [-x_m, x_m] … text/html 2021-03-25T11:15:47+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://cw.fel.cvut.cz/b202/courses/zsl/labs2020_05_backproj?rev=1616667347&do=diff Lab 05 : CT Reconstruction, Back-projection Topics: -- HW05 Assignment Today's homework is subdivided into three parts (and one additional bonus part) and its main topic is the inverse of the forward (Radon) projection transform, that was the topic of$J(\theta, p)$$f(x, y)$$f_{\theta}(x, y)$$J(\theta, p)$$$f_{\theta}(x, y) = J(\theta, x \cos \theta + y \sin \theta)$$$$f_{\text{unfilt}}(x, y) = \mathcal{B}[\mathcal{R}f] = \sum_\theta {f_{\theta}(x, y)}$$$\mathcal{F}_2$$f(x, y)$$\mathcal{F}_1 … text/html 2021-03-24T10:51:22+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://cw.fel.cvut.cz/b202/courses/zsl/labs2020_06_iterrecon?rev=1616579482&do=diff Lab 06 : Iterativní algebraická rekonstrukce Radonova transformace je matematická transformace, který se používá například při počítačové tomografii. Úkol Vstupní data pro úlohu jsou v archivu [ ke stažení zde]. V archivu jsou jak obrázky (imgCT) tak i jejich sinogramy ($$ SSD = \sum_{\forall x} \sum_{\forall y} (\hat{f}(x,y) - f(x,y))^2 ~~~~~~~~~ (1) $$$f(x,y)$$\hat{f}(x,y)$$SSD$$SSD$$$ J(p,\theta) = R[f(x,y)] = \sum_q f(x',y') \cdot h \approx \sum_q \sum_{x,y} f(x,y) \cdot \zeta (x,y,q,p,\… text/html 2021-04-12T10:32:30+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://cw.fel.cvut.cz/b202/courses/zsl/labs2020_07_ultrasound?rev=1618216350&do=diff Lab 07 : Ultrasound Project HW07 Assignment [1 pt][4 pts] US exercises Used formulas: $\lambda = \frac{c}{f}$$c = \frac{1}{\sqrt{\rho K}}$$K$$E$$Z_t = \rho c$$R = \frac{(Z_1 - Z_2)^2}{(Z_1 + Z_2)^2}$ 1. Signal propagation 1.1 The time delay between transmission and the arrival of the reflected wave of a signal using ultrasound travelling through a piece of fat tissue was $0.13 ms$$1450 m/s$$2 \cdot d$$0.13 ms$$$d = \frac {c_{fat} \cdot t_d} {2} = \frac{1450 m/s \cdot 0.00013 s} {2} = 0.094… text/html 2021-01-18T12:41:25+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://cw.fel.cvut.cz/b202/courses/zsl/labs2020_08_registrace?rev=1610970085&do=diff Lab 08 : Image Registration Main topic of today's lab is the problem of image fusion by means of image registration. There are often multiple images acquired for a single patient -- this can be MR, CT at one session or a control MR few months after a previous scan, etc. For (clinical) evaluation of these data, we want the corresponding structures in the images to overlap in the best possible way. But the patient is not completely fixed in the scanner, so the position (in $I, J$$T$$E$$$ T^{*} = … text/html 2021-04-14T09:49:06+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://cw.fel.cvut.cz/b202/courses/zsl/labs2020_09_mribloch?rev=1618386546&do=diff Lab 9 : MRI Basics V dnešním cvičení se budeme zabývat základními principy magnetické rezonance - Magnetic Resonance Imaging (MRI). Projděte si slajdy/prezentaci z přednášek MRI 1 (8.4.) a MRI 2 (15.4.). Dále doporučuji velmi bohatý soubor informací k MRI, který obsahuje i velké množství ilustrací a animací, dostuná na stránkách $^\circ$$T_1, T_2$$M_{xy}$$M_z$$90^{\circ}$$T_1$$T_2$$T_2$$T_1$$$U = \rho \cdot (1 - e^{-\frac{TR}{T_1}}) \cdot e^{-\frac{TE}{T_2}}$$$f = 42.58\cdot 10^6 \cdot B(x)$$B_… text/html 2021-04-20T11:03:07+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://cw.fel.cvut.cz/b202/courses/zsl/labs2020_10_mrikspace?rev=1618909387&do=diff V předchozím cvičení jsme se zabývali závislostí signálu jednoduché sekvence s opakovými RF pulsy na parameterech TR/TE. Průběh signálu jsme uvažovali pro jednu látku, bez prostorového umístění. Ostatně při této sekvenci bychom měřili $G_f$$B_0$$x$$B(x)$$x$$f = \gamma B(x)$$x$$G_\phi$$\omega_1$$\gamma \cdot (B_0 + B_1) $$\omega_0$$G_y$$y$$(k_x, k_y)$$k_x = -\gamma G_f t$$k_y = -\gamma G_\phi t$$x$$k_x$$y$$k_y$$\rho$$T_1$$T_2$$T_1$$T_2$$\rho$$TE, TR$$K$$K$$T_1$$T_2$$\rho$$TR$$TE$$\rho, T_1, T_2$$… text/html 2021-04-28T19:56:23+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://cw.fel.cvut.cz/b202/courses/zsl/labs2020_11_mriartifacts?rev=1619632583&do=diff Lab 11 : Diffusion weighted MRI Today we look at Diffusion-weighted Imaging - one specific MR modality. With dMRI, we can use gradient direction to measure the movement of molecules in the that direction. If there is no obstacle at the measuring point, then the signals at different gradients will not differ. This is not the case when we have obstacles in our way, such as axons of nerve connections. The diffusion takes place along the unrestricted direction and gets restricted in transverse dire… text/html 2021-05-03T11:33:00+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://cw.fel.cvut.cz/b202/courses/zsl/labs2020_12_fmrieval?rev=1620034380&do=diff Lab 12 - fMRI V dnešním cvičení se podíváme na data z funkční magnetické rezonance (fMRI) a bude nás zajímat detekce regionů v mozku, které jsou aktivovány při poslouchání dvouslabičných slov. Aktivita mozku je měřena pomocí fMRI, konkrétněji měříme BOLD signál při resting-state fMRI sekvenci. Statisticky významné rozdíly mezi běžnou aktivitou ($t$$\bar{x}_a, \bar{x}_r$$\bar{x}$$S^2_a$$S^2_r$$\bar{x}$$\alpha=0.01$$53 \times 63 \times 52$$3~mm$$T$$Y$$Y(:,:,:,1:6)$$Y(:,:,:,7:12)$$\alpha$$$\mathca… text/html 2021-05-11T14:18:25+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://cw.fel.cvut.cz/b202/courses/zsl/labs2020_13_petct?rev=1620735505&do=diff Lab 13 Pozitronová emisní tomografie (PET) - měření a rekonstrukce dát Téma cvičení je měření a rekonstrukce dat pozitronové emisní tomografii (PET). Jádrem zobrazování PET je detekce dvojice fotonů, které vzniknou následkem anihilace pozitronu vzniklého při rozpadu radiofarmaka v pacientově těle. Fotony letí od sebe po přímce a v ideálním případě je jejich průlet $N$$T_i$$T_b$$T_e$$D$$r$$\sigma^2$$n$$\tau_r$$\Delta N$$\Delta N$$t=0$$T_i$$N_0 =n \cdot N_A$$N_A$$N_A=6.0221415\cdot 10^{23}$$T_i$$… text/html 2021-01-18T12:41:26+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://cw.fel.cvut.cz/b202/courses/zsl/labs2020_14_prikaldy_qa?rev=1610970086&do=diff Lab 14 : Příklady, Q & A Součástí zkoušky jsou početní příklady, dnešní cvičení berte jako sbírku příkladů, která doplňuje již procvičené příkaldy: Lab 2 : Mikroskopie (optika) a Lab 7: Ultrasound . Rentgen Užit(ečn)é vzorečky $E = hf = h \frac{c}{\lambda} \, ,$polotloušťka$\frac{1}{2} = \textrm{e}^{-\mu d}$ Energie fotonu (I) Foton o vlnové délce $100~nm$$12~eV$$2~nm$$10~keV$$E$$10~W/cm^2$$10~cm$$2~cm$$\mu_w = 0.22~cm^{-1}$$I_0$$30~cm$$8~cm$$10~cm$$3~cm$$I_{A|B} = 0.125 \cdot I_0, \; I_B … text/html 2021-05-18T23:32:38+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://cw.fel.cvut.cz/b202/courses/zsl/lessons?rev=1621373558&do=diff ZSL Zobrazovací systémy v lékařství / Medical Imaging Systems Přednášky Wednesday, 9:15-10:45, room KN:E-126, Charles square. Přednášející/Lecturer: Jan Kybic (není-li řečeno jinak) Prezenční přednášky jsou zrušeny. Výuka začne distančně v plánovaném čase (středa 17.2. v 9:15) pomocí platformy text/html 2021-02-05T22:07:14+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://cw.fel.cvut.cz/b202/courses/zsl/start?rev=1612559234&do=diff BAM33ZSL / A6M33ZSL - Zobrazovací systémy v lékařství / Medical Imaging Systems Obsahem předmětu je koncepce, vlastnosti a struktura zobrazovacích systémů užívaných v současné době v lékařství. Jedná se 2D mikroskopické, rentgenové a ultrazvukové zobrazovací systémy včetně dopplerovského ultrazvuku. Dále se budeme zabývat tomografickými (3D) systémy: počítačovou tomografií (CT), magnetickou rezonancí (MRI) včetně funkční MR a nukleárními zobrazovacími metodami (PET,SPECT).… text/html 2021-05-19T11:02:24+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://cw.fel.cvut.cz/b202/courses/zsl/zkouskazsl?rev=1621414944&do=diff Zkouška z předmětu Zobrazovací systémy v lékařství / Medical Imaging Systems course exam Termíny zkoušek budou / The exam dates are: 4.6.18.6.25.6. Prosím seznamte se s aktuálními protiepidemickými pravidly. Podrobnosti * Zkoušku tvoří písemný test. *