Předmět se zabývá nejčastěji používanými pokročilými metodami analýzy obrazu se zaměřením na obrazy z lékařských a biologických modalit, od mikroskopie, přes ultrazvuk, až po MRI a CT, včetně časových sekvencí. Cílem je naučit se principům a použití pokročilejší algoritmů pro zpracování lékařských a biologických obrazů, zejména registrace, segmentace a klasifikace.
Tento předmět je vhodným doplňkem předmětu Metody počítačového vidění, který se věnuje metodám pro zpracování obrazů z klasických fotoaparátů a kamer. Mnoho algoritmů lze použít pro obrazy z klasických kamer i z lékařských zobrazovacích přístrojů.
Předpokládáme, že studenti již znají základní principy zpracování obrazů, včetně jednodušších algoritmů, zhruba na úrovni předmětu Digitální obraz. Dále předpokládáme znalosti programování, matematiky a strojového učení v rozsahu vyučovaném v bakalářském studiu na FEL. Znalost principů lékařských zobrazovacích technik (vyučovaných například v předmětu A6M33ZSL) je užitečná, ale nikoliv nezbytná.
Garant a přednášející: Jan Kybic (kybic@fel.cvut.cz)
Konzultace: dle domluvy.
V roce 2020/2021 je předmět otevřen poprvé, bylo přihlášeno pouze několik studentů a výuka bude asi převážně distanční. Proto bude letos předmět vyučování v poněkud omezené formě, s větším důrazem na samostatnou práci studentů.
Dle rozhodnutí Hygienické stanice hl.m. Prahy bude výuka probíhat distanční formou. Do školy tedy nechoďte, ale připojte se vzdáleně pomocí počítače nebo jiného zařízení s přístupem na internet. Materiály k jednotlivým přednáškám naleznete na stránce přednášek. První přednáška bude vysílána v původně plánovaném čase, t.j. ve středu 23.9. v 9:15. pomocí aplikace BigBlueButton. Odkaz na připojení jste dostali emailem nebo ho naleznete v aplikaci BRUTE, na stránce předmětu.
Jsem si vědom, že distanční výuka může být náročná. Neváhejte se proto na mne obrátit s libovolnými dotazy k probírané látce i k předmětu a jeho organizaci.
V přednáškách (ať už v klasické nebo distanční formě) představíme řadu relevantních metod analýzy lékařských obrazů, a to na základě původních vědeckých článků. Na články se podívejte předem a doplňte vaše komentáře a dotazi v aplikaci Perusall (heslo jste dostali emailem a zprávou v MS Teams}}. Přednášky začnou v 9:15 dle rozvrhu, ale virtuální místnost bude otevřená dříve.
Cvičení letos probíhat nebudou. V době cvičení nebo doma si studenti články představené na přednášce prostudují podrobněji a případné nejasnosti mohou s přednášejícím konzultovat na další přednášce, elektronicky, nebo po dohodě i jinak.
Semestrální práce bude spočívat v samostatné implementaci některého z probíraných algoritmů nebo jeho použití a vyhodnocení, zhruba v rozsahu 10h práce. Práci zadá přednášející, navrhnout ji může i student sám. Výsledkem práce je zpráva (cca 5-10 stránek včetně obrázků) a kód. Semestrální práce je hodnocena A-F.
To get the assignment (zápočet):
Zkouška bude ústní (dle epidemiologické situace distanční) a student bude muset demonstrovat znalost představených algoritmů. Výsledek bude dán ze 40% hodnocením semestrální práce, ze 40% hodnocením ústní části a z 20% aktivitou v aplikaci Perusall - všechny tyto části ovšem musí být hodnoceny alespoň E (dostatečně).