====== Zpracování reportu a prezentace ======
V reportu a prezentaci bychom především chtěli vidět smysluplné porovnání algoritmů. Hlavní hledisko pro porovnání je posouzení schopnosti algoritmu generovat body ze stavového prostoru v takovém pořadí, aby nacházel co nejlepší řešení co nejdříve, tedy po co nejmenším počtu předtím ohodnocených kandidátských řešení.

===== Obsah reportu a prezentace =====
Ačkoli obsah reportu a prezentace by měl být tematicky skoro stejný, lišit by se u nich měly především rozsah a váha, které jednotlivým částem přiřadíte. Report by měl být detailnější, zatímco v prezentaci by měly být uvedeny jen hlavní výsledky a hlavní myšlenky algoritmu.
  * Zadání (stručně)
  * Popis zvolené reprezentace
  * Popis fitness funkce (společné, i vaší vlastní, pokud jste ji použili)
  * Popis algoritmů
    * Popis operátorů
      * Perturbační operátor u lokálního prohledávání
      * Operátory křížení a mutace u EA
      * Způsob hybridizace EA a lokálního prohledávače u memetického algoritmu 
    * Hodnoty parametrů
    * Pseudokód???
  * Smysluplné porovnání algoritmů:
    * Report: 
      * Porovnejte především své tři algoritmy (např. lokální optimalizátor, klasický EA a memetický alg).
      * Chcete-li do porovnání zahrnout i výsledky některého svého kolegy, můžete, ale nezapomeňte jej citovat!
      * Tabulky a grafy se statistickým zhodnocením provedených experimentů na zadaných testovacích datech.
      * Grafy s průběhem mediánu nejlepší fitness v závislosti na počtu ohodnocení.
      * Grafy s průběhem mediánu nejlepší hodnoty jednotné ohodnocovací funkce v závislosti na počtu ohodnocení.
    * Prezentace:
      * Každý student ve skupině dodá do porovnání svůj "nejlepší" algoritmus.
      * Způsob porovnání stejný jako v reportu.
  * Diskuse výsledků a zhodnocení 

===== Prezentace =====
Velmi pravděpodobně **na prezentaci 1 úlohy budete mít jen cca 10 minut!**
  * Společná část: skupina studentů, řešící stejnou úlohu, vypracuje společně úvodní slajdy představující úlohu a závěrečné slajdy s prezentací výsledků a vzájemným porovnáním přístupů jednotlivých studentů.
  * Individuální část: slajdy stručně a srozumitelně popisující zvolenou reprezentaci, operátory a ohodnocovací funkci algoritmů studenta.

Vytvořte vše jako 1 společnou prezentaci, nebo alespoň jednotlivé prezentace nakopírujte na jeden stroj - bude velmi málo času a nechtěli bychom se zdržovat prohazováním notebooků během prezentace. Individuální část každý student odprezentuje sám.  Každá skupina si zvolí mluvčího, který bude mít tu čest prezentovat společné části.

===== Smysluplné porovnání =====
Při porovnání výsledků algoritmů je třeba dbát na to, aby algoritmy měly stejné (nebo aspoň hodně podobné) podmínky. Pro většinu úloh stačí porovnávat dosažená řešení 
  * na stejných instancích úlohy a
  * po stejném počtu ohodnocení účelové funkce.

/* Výjimkou je úloha komprese obrázků, kde je třeba také pro každý obrázek zafixovat povolenou velikost "footprintu" zakódovaného obrázku. (Na velikosti se dohodněte sami.) Pokud např. obrázek aproximujete pomocí průhledných trojúhelníků, k uložení informací o 1 trojúhelníku potřebujete

''(3 vrcholy x 2 souřadnice x R bytů na reálné číslo) + S bytů na barvu trojúhelníka + T bytů na průhlednost (nebo váhu).''

Aproximujete-li např. pomocí kruhů, potřebujte na 1 kruh

''(1 střed x 2 souřadnice + 1 poloměr) x R bytů na reálné číslo + S bytů na barvu kruhu + T bytů na průhlednost (nebo váhu).''

Po zvolení povolené velikosti "footprintu" tak můžete vypočítat, kolik trojúhelníků, kruhů, atd., byste měli ve své reprezentací použít.*/

===== Ukazatel kvality algoritmu =====
To, co je pro nás na optimalizačním algoritmu nejdůležitější, je nejlepší dosažené řešení po jistém počtu ohodnocení účelové funkce (neboli za nějaký "čas"), tzv. best-so-far (BSF) řešení. (Už nás tolik nezajímá třeba průměrná kvalita jedinců v populaci.) Abychom si hodnotou BSF po jistém počtu ohodnocení mohli být alespoň trochu jistí, musíme provést N běhů algoritmu (desítky) na stejném problému. Tak pro všechny počty ohodnocení (pro každý "časový" okamžik) získáme 1 BSF řešení z každého z N běhů algoritmu. Z této sady hodnot je možné pro každou hodnotu počtu ohodnocení (pro každý "časový" okamžik) vypočítat statistiku polohy (průměr nebo medián) a statistiku rozsahu (směrodatná odchylka, mezikvartilové rozpětí, minimum-maximum).

===== Prostředky pro porovnání =====
Výsledky prezentujte v tabulkách či grafech. Uvádíte-li kvalitu dosaženého řešení, ujistěte se, aby vždy bylo zřejmé
  * po kolika ohodnoceních byla tato kvalita dosažena,
  * zda je kvalitou průměr, medián nebo nějaká jiná statistika měřená na opakovaných bězích algoritmu, a
  * kolik běhů algoritmu bylo provedeno.
Kromě průměru či mediánu uvádějte také míru rozptylu hodnot: používejte dvojice
  * průměr a směrodatná odchylka nebo
  * medián a mezikvartilové rozpětí (inter-quartile range) nebo
  * medián a minimum a maximum.

Místo strohé tabulky je mnohdy lepší použít obrázek:
  * o krabicových grafech ([[http://flowingdata.com/2011/12/06/40-years-of-boxplots/|40 years of box plots]])
  * pro zachycení rozdílů v dosažených řešeních po jistém počtu ohodnocení se hodí 
    * funkce [[http://www.mathworks.com/help/toolbox/stats/boxplot.html|boxplot ze Statistics toolboxu MATLABu]], nebo 
    * funkce [[http://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/26508-notboxplot-alternative-to-box-plots|notBoxPlot]] dostupná na MATLAB File Exchange, nebo
    * funkce [[http://matplotlib.sourceforge.net/api/pyplot_api.html#matplotlib.pyplot.boxplot|boxplot z balíku matplotlib]] pro Python, nebo
    * [[http://gnuplot.sourceforge.net/demo_4.2/candlesticks.html|candlesticks z gnuplot]], nebo
    * funkce boxplot v R, atd.
  * pro zachycení rozdílů v dosažených řešeních v průběhu celého procesu optimalizace se hodí
    * funkce [[http://www.mathworks.com/help/techdoc/ref/errorbar.html|errorbar]] z MATLABu, nebo 
    * funkce [[http://matplotlib.sourceforge.net/api/pyplot_api.html#matplotlib.pyplot.errorbar|errorbar z balíku matplotlib]] pro Python, nebo
    * [[http://gnuplot.sourceforge.net/demo_4.2/mgr.html|errorbars z gnuplot]], nebo
    * funkce errorBarGraph v R, atd.

/*===== Šablony pro report =====
Pro psaní závěrečného reportu použijte **povinně** jednu z následujících šablon: {{:courses:a4m33bia:bia_latex_template.zip|LaTeX}} (obsahuje pokyny v PDF), nebo  {{:courses:a4m33bia:bia-word-template.doc|Office}}.
*/