===== Cvičení / Lab organization ===== This is the main wiki page for labs in Medical Imaging Systems (codes BAM33ZSL, BEAM33ZSL, A6M33ZSL). Labs take place after the lecture, in room **KN:E-132** (Karlovo nám.). They usually take place **Wednesdays 11:00-12:30**, except the two lessons emphasized in the timetable below. **Course tutors:** * Jan Hering (JHe) (main) * Jiří Borovec (JBo) ==== Plán cvičení (Timetable and topics) ==== ^No. ^ Date ^ Lecturer ^ Topic ^ Extras ^ ^ 1.| Wed 20.2.| JHe | Lab and Matlab introduction | | ^ 2.| Wed 27.2.| JHe | Microscopy | | ^ 3.| Wed 6.3.| JBo| CT Images | | ^ 4.| Wed 13.3.| JHe | CT Forward Projection | | ^ 5.| Wed 20.3.| JHe | CT Back-Projections | | ^ 6.| Wed 27.3.| JHe | Ultrasound | | ^ 7.| Wed 3.4.| JHe | US Images | | ^ 8.| Wed 10.4.| JHe | Image registration | | ^ 9.| Wed 17.4.| JHe | MRI Basics | | ^ 10.| Wed 24.4.| JHe | MRI Image Reconstruction | | ^ -- | Wed 1.5.| -- | -- national holiday --| | ^ -- | Wed 8.5.| -- | -- national holiday --| | ^ 11. | **Thu 9.5.** | JHe | fMRI Evaluation | ^ 12.| **Tue 14.5.** | JHe | Diffusion MRI | ^ -- | Wed 15.5.| -- | -- Rektorský den -- | | ^ 13.| Wed 22.5.| JHe| Q & A | | ==== Náplň a průběh cvičení (General information) ==== * Obsah cvičení bude zveřejněn v předstihu, abyste se s ním mohli seznámit v před cvičením. * Cvičení slouží také ke konzultaci a diskuzi probírané látky z přednášek, nebojte se na cvičení zeptat, případně pošlete dotaz cvičícímu mailem * Jak získat školní licenci Matlabu si přečtěte [[courses:a4b33opt:cviceni:matlab|zde]]. * //The main topic and homework assignment will be published in advance, please make yourself familiar with the current lab's topic// * //Don't hesitate to ask questions, that is what the lab is designed for. // * //We assume a basic MATLAB knowledge (more info in the last section)// ==== Podmínky pro získání zápočtu (Assessment requirements) ==== * Je nutné odevzdat **všechny** domácí úlohy (HW01 -- HW12) * Dále je nutné získat **alespoń 1 bod z každé** odevzdávané úlohy. * V součtu všech odevzdávaných úloh je potřeba získat **alespoň 50% bodů z celkového počtu**. * //You must submit **all** assigned homework tasks (HW01 -- HW12)// * //You must achieve **at least 1 point** (20% of maximum) in each homework task // * //You must achieve **at least 50 % of total points** from all assigned homework tasks// ==== Domácí úlohy (Homework) ==== * Úlohy vypracovávejte samostatně. * Ke každé úloze je potřeba vypracovat zprávu, případně napsat krátký program, funkci v MATLABu apod. * Zprávy ze cvičení odevzdávejte ve formátu **PDF** do [[https://cw.felk.cvut.cz/brute/student| upload systému BRUTE]] nejpozději ve **středu jeden týden po cvičení do 12:00**. * PDF soubor pojmenujte cv//XX//_//FEL_id//.pdf (např. cv05_herinjan.pdf), případná jména programů budou upřesněna v zadání * //Please work individually// * //Each homework always includes a written report, optionally a short program or function in MATLAB or similar// * //Submit your report in a **PDF** format (and program codes if requested) via [[https://cw.felk.cvut.cz/brute/student| BRUTE Upload system]], deadline for each homework is 1 week after the lab// * //Use the naming scheme cv//XX//_//FEL_id//.pdf for the submitted report file, required names for code files will be specified separately in each assignment// ==== Hodnocení úloh (Homework grading) ==== * Za každou úlohu je možno získat maximálně **5 bodů** (rozdělení bodů bude uvedené v zadání) * Pří pozdním odevzdání se automaticky odečítá **0.5 bodu** za **každý den** zpoždění. * Domluva jiného harmonogramu odevzdání pro nestandardní situace (nemoc, stáž v zahraničí) je možná. U plánovaných akcí (stáž v zahraničí) je nutné se domluvit **předem**. * Je možné zprávu po ohodnocení na požádání opravit, za extra kontrolu budou odečteny 2 body (např. zpráva byla odevzdána a ohodnocena 1 bodem z 5, pokud zprávu nahrajete znovu a budete žádat její opětovnou kontroly, můžete získat max 3 body) * Pracujte samostatně -- zprávy i kódy jsou kontrolovány na přítomnost **plagiátů**. Jak se postupuje v případech opisování si můžete přečíst [[http://cw.felk.cvut.cz/doku.php/help/common/plagiaty_opisovani|zde]] (z textu plyne, že podmínky zápočtu uvedené nahoře, jsou nutné, nikoliv postačující). * **Vzorové zprávy** si můžete prohlédnout {{:courses:a6m33zsl:vzor-zpravabalco.pdf|zde}}, {{:courses:a6m33zsl:vzor-zpravajirik.pdf|zde}} nebo {{:courses:a6m33zsl:vzor-zpravakrizova.pdf|zde}}. * Každá zpráva by měla obsahovat: * Nadpis, jméno autora, stručný popis úlohy (viz zadání cvičení), zhodnocení s popisem postupu a závěr. * Ilustrační obrázky, jsou-li požadovány, všechny ilustrace musí mít popisek, odkazuje se z textu na obrázek, ne naopak. * Za nedodržení těchto pravidel pro psaní zpráv, budou strhávány body v řádu desetin (0.1-1.0) za každou z nich, pokud se chyby budou u jednotlivých studentů opakovat, budou se strhávané body postupně zvyšovat. * Pokud bude zadána struktura (hlavička s definovanými vstupy) požadovaného M-filu (funkce) a student ji nedodrží, úloha se považuje za nesplněnou. * //There are max. **5 pts** for each homework assignment, occasionally with some bonus points.// * //Delayed submission leads to penalty of **0.5 pt** for **each 24 h** delay.// * //If you cannot upload within the deadline for some known reasons (illness, abroad stay), please inform the tutor **in advance** to avoid the penalty// * //You can re-upload and request re-evaluation of your report, this comes with a penalty of **2 pts**// * //Work individually -- reports and submitted codes are checked for **plagiarism**. In case of detected plagiarism, you will receive **0 pts** and will be obliged to upload a corrected version.// * //Each report should contain: // * //a title, author name, short abstract, description of the presented solution, illustrations (if requested) and a conclusion.// * //each illustration must come with a caption and should be self-explanatory.// * //You must stick to the pre-defined interface of a function (M-file) if speficied// ==== Lab equipment ==== * [[https://cyber.felk.cvut.cz/study/computer-labs/|Information about computer labs]] * [[https://owncloud.cesnet.cz| owncloud ]] ==== MATLAB ==== Na cvičeních budete používat systém [[http://www.mathworks.com/products/matlab|Matlab]], který sdružuje prostředky pro výpočty, vizualizaci, ladění a programování numerických úloh. Jedná se o široce rozšířeným systémem pro vědecko-technicé výpočty. Je používán na více než 3500 universitách a ve stovkách velkých firem, koukněte např. [[http://www.iflscience.com/technology/40-tech-skills-that-will-land-you-an-82000plus-salary/all/|sem]]. ** Jak ho získat ** Matlab není zadarmo. Nicméně studující si mohou doma pro účely studia nainstalovat [[http://download.cvut.cz|multilicenci ČVUT]] Matlabu s pomocí hlavního přístupového hesla. **Jak začít ** Předpokládáme základní **znalost prostředí Matlab**, pokud si znalosti chcete osvojit, doplnit či připomenout, doporučujeme následující {{courses:a6m33zsl:internal:matlab-tutorial.pdf|tutoriál}} (cz) a další materiály z [[https://www.google.cz/webhp#newwindow=1&safe=off&q=Matlab+tutorials|webu]]. // We will use [[http://www.mathworks.com/products/matlab|Matlab]] for computation, visualization and other numerical calculations. Matlab is commonly used tool in research and development from academia to private companies. // // **How to get it **// //For study purposes, students are allowed to use the [[http://download.cvut.cz| CTU multi-licence]] of Matlab on their own computers. The main CTU password is required for downloading.// // **How to start**// //Please use one of the [[https://www.mathworks.com/support/learn-with-matlab-tutorials.html|web tutorials]] to freshen or improve your MATLAB experience. //