Skript fold.py
musí fungovat v Pythonu 3.4.x!
Odevzdávat budete 2 skripty (oba nepovinně):
fold.py
realizující algoritmus skládání sekvence aminokyselin a
display.py
, vizualizační část.
Úkolem skriptu fold.py
je pro danou sekvenci aminokyselin najít co nejlepší konfiguraci z hlediska minimalizace volné energie.
sequence.txt
.
folding.txt
.
Další požadavky:
Způsob hodnocení:
display.py
) do BRUTE.
Úkolem skriptu display.py
je co nejpřehledněji zobrazit danou sekvenci aminokyselin v dané konfiguraci.
sequence.txt
a konfigurace v souboru folding.txt
.
Způsob hodnocení:
fold.py
) do BRUTE.
Další info:
Obě části úlohy zpracovávají (čtou nebo vytvářejí) soubory sequence.txt
a folding.txt
. Oba soubory očekávejte/vytvářejte ve stejném adresáři, jako skripty fold.py
a display.py
. Jejich formát je následující:
sequence.txt
bude obsahovat vždy jednu sekvenci aminokyselin, tj. bude obsahovat jeden řádek, na němž budou jedničky a nuly oddělené mezerami, např.0 1 1 1 1 0
folding.txt
bude obsahovat navrženou konfiguraci, tedy jeden řádek obsahující sekvenci jednotkových komplexních čísel (1
, -1
, 1j
, nebo -1j
) oddělených mezerami, tedy např.1 1 -1j -1 -1