======A6M33MOS -- Modelování a simulace ======

[[http://cw.felk.cvut.cz/upload/|UploadSystem]] [[https://cw.felk.cvut.cz/forum/forum-1309.html|Diskusní fórum]] [[https://www.fel.cvut.cz/cz/education/rozvrhy-ng.B161/public/cz/predmety/17/06/p1706206.html|Rozvrh hodin]]
===== Cvičení =====
Cvičení jsou povinná, tolerujeme tři neomluvené absence. Nepritomnost neovlivňuje odevzdávání úloh. Pokud nemůžete na své cvičení, je po dohodě možné přijít na jinou paralelku - poslední večerní cvičení bývá volné.

Na vetsine cviceni je zadana [[ulohy|uloha]], kterou je nutno odevzdat do pristiho cviceni. Pri pozdnim odevzdani, pripadne nizke kvalite, bude bodovy postih. Odevzdanou ulohou se rozumi zdrojovy kod a zprava v rozsahu 1 - 4 stran.

  - úvod do modelicy - kulička na pružině
      * {{:courses:a6m33mos:cv1_2016.zip|Zadání úlohy a model ze cvičení}}
  - jazyk modelica - konektory a rovnice 
      * {{:courses:a6m33mos:cv2_2016.zip|Zadání úlohy a model ze cvičení}}
  - jazyk modelica - události a hybridní systémy
      * {{:courses:a6m33mos:cv03_2016.zip|Zadání úlohy a model ze cvičení}}
  - jazyk modelica - opakování, model oběhu
      * {{:courses:a6m33mos:cv04_2016.zip|Zadání úlohy a model ze cvičení}}
  - Modelování ve farmakologii
  - Lineární systémy, přenosová funkce
    * {{:courses:a6m33mos:debug.zip|Debugging}} 
  - Lineární systémy, stream konektory
    * {{:courses:a6m33mos:stream.pdf|Stream konektory - prezentace}}
    * {{:courses:a6m33mos:cv_2016_08.zip|Model ze cvičení a zadání úlohy}}
  - Numerické metody
    * {{:courses:a6m33mos:mos_cv_7_2015_numerika.zip|Postup a modely ze cvičení, zadání úlohy}}
  - Diskretizace
    * {{:courses:a6m33mos:cv_10_2016.zip|Model ze cvičení a zadání úlohy}}
  - Physiolibrary
    * {{:courses:a6m33mos:2016_cv11_physlib.zip|Model ze cvičení a zadání úlohy}}
  - Skriptování a optimalizace
    * [[https://docs.google.com/document/d/1EF9tb4-A16_A6dsL6Z3jlThH2eBUo-j1CibClklP4xY/edit#|zadání úlohy]] (request for comments)
    * {{:courses:a6m33mos:cv12_2016_bonus_farma.zip|Zdroje k druhému bonusu}}

/*
 2015
  - úvod do modelicy - kulička na pružině
      * {{:courses:a6m33mos:mos_cv_01_2015.zip|Zadání úlohy a model ze cvičení}}
  - konektory zblízka - nucený oscilátor s RealInput, co je pod rovnicí connect?
      * {{:courses:a6m33mos:mos_cv_02_2015.zip|Zadání úlohy a model ze cvičení}}
  - Události, hybridní modely 
      * {{:courses:a6m33mos:mos_cv_03_2015.zip|Zadání úlohy a model ze cvičení}} <fc #ff0000>Update 23.10.</fc> //Poznámka: Jelikož je finální zadání mírně zpožděné a příště nemáme cvičení, odevzdání se posouvá odpovídajícím způsobem.//
  - Van Meursův model hemodynamiky
      * {{:courses:a6m33mos:mos_cv_04_2015.zip|Zadání úlohy a model ze cvičení}} 
  - Modelování farmakokinetiky
    * {{:courses:a6m33mos:mwpharm.zip|Specializovabný software MWPharm}}
    * {{:courses:a6m33mos:mos_cv_05_2015.zip|Úkol a výchozí model}} // Oproti původním hrozbám přikládám vzorový model, ze kterého můžete vycházet. Úloha obsahuje nepovinné části za které můžete získat až 1.5b// 
  - 10 min test z teorie, pole, cykly
    * {{:courses:a6m33mos:mos_cv_06_2015.zip|Model ze cvičení a úloha}} 
  - Numerické metody
    * {{:courses:a6m33mos:mos_cv_7_2015_numerika.zip|Postup a modely ze cvičení, zadání úlohy}}
  - Základy teorie systémů - přenosová funkce
    * [[http://physiome.cz/atlas/sim/RegulaceSys/|Výuková aplikace Regulace]]
    * {{:courses:a6m33mos:mos_cv_08_2015.zip|Model ze cvičení a zadání úlohy}}
  - Stream konektory
    * {{:courses:a6m33mos:stream.pdf|Stream konektory - prezentace}}
    * {{:courses:a6m33mos:streams.zip|Model ze cvičení}}
    * {{:courses:a6m33mos:mos_cv09_2015_streams.pdf|Zadání úlohy}}
  - Physiolibrary
    * {{:courses:a6m33mos:mos_cv10_2015_physiolibrary.pdf|Tvorba modelů s Physiolibrary - zadání úlohy}}
    * {{:courses:a6m33mos:mos_cv10_2015_minphyslib.zip|Model ze cvičení}}
    * Finální úloha, obsahuje mnoho bonusů, včetně bonusu za včasné odevzdání
  - FMI a Python
    * další zdroje na [[http://physiome.lf1.cuni.cz/mos/]]

Úlohy hodnotí [[martin.tribula@fel.cvut.cz|Martin Tribula]].
Veškeré dotazy a nesrovnalosti prosím na něj, filip.jezek@fel.cvut.cz případně jen na kopii, nebo jako reklamační autorita.
*/

/*

===== staré 2014 =====
  - úvodní cvičení
    * {{:courses:a6m33mos:mos_cv_01.zip|Model ze cvičení a zadání úlohy}} //Update 26.9.//
  - Úvod do konektorů - kulička podruhé
    * {{:courses:a6m33mos:uloha2_2014.zip|Model ze cvičení a úloha}}
  - Konektory v hydrodynamické doméně
    * {{:courses:a6m33mos:cv3_hydraulic.zip|Model ze cvičení}}
    * {{:courses:a6m33mos:mos_uloha_3.pdf|Zadání úlohy}}
  - Nespojitosti a události
    * {{:courses:a6m33mos:cv4_new.zip|Model ze cvičení}}
    * {{:courses:a6m33mos:zadani_cv4.pdf|Zadání úlohy}} Update 17.10
  - Pole a cykly
    * {{:courses:a6m33mos:14_5_heats.zip|model ze cvičení}}
    * {{:courses:a6m33mos:14_5_dolni_propust.pdf|Zadání úlohy}}
  - Numerika v Modelice 
    * {{:courses:a6m33mos:2014_numerika_cviceni.pdf|Slidy ze cvičení}}
  - Farmakokinetika 
    * {{:courses:a6m33mos:2014_farmako.pdf|Úloha}}
    * {{:courses:a6m33mos:2014_farma_uloha_ze_cviceni.zip|Model ze cvičení}}
  - Stream konektory
    * {{:courses:a6m33mos:stream.pdf|Stream konektory}}
    * {{:courses:a6m33mos:streams.zip|Model ze cvičení}}
    * {{:courses:a6m33mos:08streams.pdf|Zadání úlohy}}
  - Physiolibrary
    * {{:courses:a6m33mos:2014uloha9.pdf|Úloha}}
    * {{:courses:a6m33mos:physlibmodely.zip|Modely ze cvičení}}
  - Test
  - Export, FMI, Identifikace
    * {{:courses:a6m33mos:problemyidentifikace2.pdf|Problemy identifikace}}
    * {{:courses:a6m33mos:fmuaidentifikaceprezentace.pdf|Prezentace FMI}}
    * {{:courses:a6m33mos:identifikace-cviceni.zip|Problém ze cvičení}} //čtěte readme.txt//
    * {{:courses:a6m33mos:uloha.zip|Úloha}}
  - Opakování, Expandable konektory, funkce
    * {{:courses:a6m33mos:cv2.zip|příklad ze cvičení}}
    * {{:courses:a6m33mos:expandableconnectors.pdf|Zadání úlohy}}
  - Knihovny
    * {{:courses:a6m33mos:planarmechanics.zip|Planar Mechanics}}
    * {{:courses:a6m33mos:mosbuildings.zip|Buildings}}

===== staré 2013 =====
  - odpadlo
  - úvod do modelicy - kulička na pružině   

  - Konektory - nádržní výtok
    * {{:courses:a6m33mos:cv02_2013.zip|Zdroje a zadání úlohy}}
  - Nespojitosti a události - zpětný ventil
    * {{:courses:a6m33mos:jumping_ball.zip|Skákající míček}}
    * {{:courses:a6m33mos:uloha_3.pdf|Zadání úlohy 3 - zpětný ventil}}
  - Opakování: konektory a nespojitosti, debugging
    * {{:courses:a6m33mos:mos4_srdce_jako_pumpa.zip|Pumpující srdce - zadání a zdroj}}
  - Stream konektory
    * {{:courses:a6m33mos:stream.pdf|Stream konektory}}
    * {{:courses:a6m33mos:mos5_streams.zip|Model ze cvičení a úloha}}
  - Diskretizace, pole a cykly
    * {{:courses:a6m33mos:heat.zip|příklad ze cvičení}} - diskretizovaná kondukce tepla na drátu
    * {{:courses:a6m33mos:u07-dolnipropust.pdf|úloha Dolní propusť}} (//Update mkIII 14.11.//)
  - Laplaceova tranformace
    * [[http://math.feld.cvut.cz/prucha/m2c/ltru.pdf|Skripta]]
    * {{:courses:a6m33mos:zadani_laplace2013.pdf|Zadání úlohy}}
  - farmakokinetika
  - Opakování, OpenModelica
    * {{:courses:a6m33mos:farmakomodel.zip|farmakokinetický model}} ze cvičení 
    * zadání úlohy {{:courses:a6m33mos:farmakokinetika.pdf|jednoduchá farmakokinetika}}
  - TEST, odevzdané zadání semestrálky.
  - Physiolibrary
    * {{:courses:a6m33mos:uloha9_physlib.zip|Model ze cvičení a zadání úlohy}} //(Komplet verze update 1.1 z 19.12.)//
  - identifikace pomocí jsim
    * {{:courses:a6m33mos:cv_ident.zip|data}} 
    * {{:courses:a6m33mos:12_identifikace_odc.pdf|zadání úlohy}}

===== staré 2012 =====
    - {{:courses:a6m33mos:mos_cviceni1.zip|zdrojové kódy příkladů}}
    - bonusová úloha - {{:courses:a6m33mos:a6m33mos2012_bonus1.pdf|Bonusová úloha:Dýchací systém}}
  - kauzalita a konektory
    - {{:courses:a6m33mos:uloha_2.zip|výsledný model ze cvičení a úloha }}
  - opakování a shrnutí, konektory, inicializace
    - {{:courses:a6m33mos:cv03_uloha.pdf|Zadání úlohy}}
  - hybridní simulace, eventy
    - {{:courses:a6m33mos:cv4_srdcejakopumpa.zip|Model ze cvičení a zadání úlohy}}
  - Stream konektory (MM)
    - {{:courses:a6m33mos:stream.pdf|Stream konektory}}
    - {{:courses:a6m33mos:MOS5_DU_RegulaceGlukozy.pdf|Zadání úkolu}} <fc #FF0000>Upraveno!</fc>
    - {{:courses:a6m33mos:Glucose_Khoo.pdf|Článek - Khoo. Regulace glukozy}}
    - {{:courses:a6m33mos:mos5_Hint.zip|Hint - kauzální model}}
  - TEST
    - test bude na 15m, z poskytnutých materiálů a procvičených úloh.
    - feedback z úloh, stream konektory
    - Doporučený článek na [[https://www.modelica.org/events/modelica2009/Proceedings/memorystick/pages/papers/0078/0078.pdf|Stream konektory]]
    - {{:courses:a6m33mos:uloha_kapacka.pdf|Zadání úlohy Kapačka}}
  - Cykly, pole
    - zadání {{:courses:a6m33mos:u07-dolnipropust.pdf|úlohy Dolní propusť}} <fc #FF0000>Update 5.11.</fc>
    - model {{:courses:a6m33mos:u07_dolnipropust.zip|tepelné kondukce}} probíraný na cvičení, spolu se zadáním úlohy
  - Analytické řešení diferenciálních rovnic, Laplaceova transformace
    - Bonusová úloha {{:courses:a6m33mos:cv08_bonus.pdf|Bonusová úloha}}
  - Modelování hemodynamiky
    - {{:courses:a6m33mos:A6M33MOS-hemodynamika.pdf|Your mission!!!}} | Pozn. System Modeler lze nainstalovat i bez Mathematicy
    - {{:courses:a6m33mos:Hemodynamics.zip|Podpůrné materiály}}
  - Export do matlabu, frekvenční analýza
    - bez úlohy
    - připravte si téma semestrálky!
  - test II
    - implementace modelu, obtížností podobné s domácími úlohami
    - pokud jste vypracovávali úlohy samostatně, neměli byste mít problém.
    - povoleny jsou jakékoli zdroje, dokumentace modelicy, internet, ale pouze SAMOSTATNĚ!
  - Identifikace
    - http://physiome.org/jsim/
    - {{:courses:a6m33mos:identifikace_odc.zip|zdroje k identifikaci}}
    - {{:courses:a6m33mos:12_identifikace_odc.pdf|Zadání úlohy}}
  - Expandable konektory
    - [[https://build.openmodelica.org/Documentation/Modelica.Blocks.Examples.BusUsage.html]]
    - {{:courses:a6m33mos:exp_konektory.pdf|Úloha}}
    - {{:courses:a6m33mos:ZtratyTUTOR.zip|Code}} 
  - Dědičnost, dokumentace, Velké modely a použití knihoven
    - {{:courses:a6m33mos:cv14_bonusy.pdf|Bonusové úlohy}} jsou celkem za 4b, tak neváhejte!
    - {{:courses:a6m33mos:models14.zip|Modely demonstrované na cvičení}} (Ikeda, Guyton72, Hummod)
    - [[http://patf-biokyb.lf1.cuni.cz/wiki/hummod/hummod|trochu více o Hummodu]]
    - Automaticky generovaná [[http://www.physiome.cz/eGolem/doc/QHP.html|dokumentace]]

 ==== Staré 2011 ==== 

  - kauzalita
    - {{:courses:a6m33mos:mos_cviceni2_a_uloha2.zip|materiály ke cvičení}}
    - {{:courses:a6m33mos:mos_uloha2.zip|Úloha a bonus}}
  - třídy a konektory, modelica library - {{:courses:a6m33mos:mos3_SimpleFluids.zip|kód ze cvičení}}
  - eventy, continuous, discrete a hybrid - {{:courses:a6m33mos:Kardiovaskulární reakce na ortostatickou zátěž.pdf|zadani}}|{{:courses:a6m33mos:mos4_ukol.zip|zdroje}}
  - inicializace, TEST - teorie, {{:courses:a6m33mos:mos5_uloha5_kardio_ortostat.zip|Úloha}} <fc #FF0000>(update 30. 10.)</fc>
  - řízení, stabilita, vyhlášení témat semestrálních prací. Výukový program [[http://physiome.cz/atlas/sim/RegulaceSys/|regulace]]. {{:courses:a6m33mos:uloha6_regulace.pdf|Úloha regulace}} <fc #FF0000>(update 7. 11.)</fc>
  - řízení, stabilita, propojení Modelica a Matlab {{:courses:a6m33mos:cvikko_7.zip|src+úloha}} {{:courses:a6m33mos:fmi_toolbox-1.2-win32.zip|FMI toolbox demo}}
  - pole, cykly, nahlášení vybraných témat semestrálních prací {{:courses:a6m33mos:cv8_2.zip|Úloha}} <fc #FF0000>(update 23. 11.)</fc>
  - Farmakokinetika, {{:courses:a6m33mos:mwpharm-4.0.663.zip|MWFARM}} {{:courses:a6m33mos:mwpharm_-_uloha.odt|Úloha}} 
  - TEST - tvorba jednoduchého modelu, zbytek jako úloha {{:courses:a6m33mos:test_model_tepla.pdf|tepelné ztráty}}
  - Fyziologické modely, hummod, Physiolibrary {{:courses:a6m33mos:hummod_10.zip|Zdroje}}, {{:courses:a6m33mos:uloha11_rev3.pdf|Úloha}} <fc #FF0000>(update 19. 12.)</fc>
  - JSIM - [[http://www.physiome.org/jsim/|JSIM download]] [[https://docs.google.com/document/pub?id=1E9C0ZnFSznfacfnJ5gpXVEqGZXVznhjqa7WByIicRoM|Data]] [[http://patf-biokyb.lf1.cuni.cz/pavol/SaturaceO2_krivka/|Demonstrace křivky]]
  - prezenatce semestrálních prací, zápočtový týden


*/
===== Úlohy =====
Na vetsine cviceni je zadana uloha, kterou je nutno odevzdat vzdy do 20.00 dne predchazejici nasledujici cviceni, tj. zpravidla úterý 20:00. Pri pozdnim odevzdani, pripadne nizke kvalite, hrozi bodovy postih a nutnost ulohu prepracovat. 

Odevzdanou ulohou se rozumi zdrojovy kod a zprava v rozsahu 1 - 4 stran, nahrane do [[http://cw.felk.cvut.cz/upload/|odevzdavaciho systemu]].

Zprava musí obsahovat:
  * strucne zadani
  * popsan postup reseni
  * vysvetlen model a jeho struktura, u klicovych casti muze byt **ukazky** zdrojoveho kodu
  * vysledky
  * diskuzi a **zhodnoceni vysledku**
  * zaver

Některé body se budou překrývat. U nekterych uloh je moznost bonusove casti, ktere jsou hodnoceny body zcela navíc.