==== Program přednášek =====

^  P  ^  Datum   ^  Učitel  ^  Osnova přednášek  ^  Obsah   ^  References  ^
|  1         |  22.2.   |  FŽ  | Úvod, ukázkové problémy bioinformatiky. | {{intro_2018.pdf|intro}} |
|  2         |  1.3.  |  JK  | Algoritmy pro sekvenování, optimální skládání fragmentů. | {{assembly_jk_2017_2p.pdf|assembly}} | [[http://vps.fmvz.usp.br/labmas/wp-content/uploads/2014/04/Artigo_3.2.pdf|Nagarajan13]], [[http://profs.scienze.univr.it/~liptak/MBD/files/nbt.2023.pdf|Compeau11]] |
|  3         |  8.3.  |  JK  | Srovnávání a zarovnávání biologických sekvencí. | {{pairwise_alignment_jk_2017_2p.pdf|alignment}} | Durbin's book, ch 2,6 |
|  4         |  15.3.  |  JK  | Algoritmus BLAST a jeho modifikace. | {{multiple_alignment_mod.pdf|multi align}}, {{blast_jk_2017_2p.pdf|BLAST}} |[[http://users.cis.fiu.edu/~giri/teach/Bioinf/Papers/GappedBLASTPaperNAR97.pdf|Altschul97]] |
|  5         |  22.3.  |   JK  | Fylogenetické stromy, využití hierarchického shlukování. | {{intro_phylogeny_2017_2p.pdf|phylogeny}},{{distance_phylogeny_2017_2p.pdf|dist_based}}| Durbin's book, ch 7 |
|  6         |  29.3.  |   JK  | Fylogenetické stromy, parsimony a pravděpodobnostní metoda. | {{parsimony_phylogeny_2017_2p.pdf|parsimony}}, {{prob_phylogeny_2017_2p.pdf|probablistic}}| Durbin's book, ch 8 |
|  7         |  5.4.  |  JK  | Teorie markovských modelů. | {{markov-chains-1.pdf|MC1}},{{markov-chains-2.pdf|MC2}}| Durbin's book, ch 3 |  
|  8         |  12.4.  |   JK  | Modelovaní genomických sekvencí markovskými modely, vyhledávání genů, profilové HMM. | {{HMMs-1.pdf|HMM}},{{hmm_applications_jk_2p.pdf|applications}} | [[https://www.cs.princeton.edu/~bee/courses/read/burge-jmb-1997.pdf|Burge97]] | 
|  9        |  19.4.  |  JK  | Analýza dat z vysoce paralelních měrení, detekce významných faktorů, prediktivní modelování. | {{high-throughput-jk-2017-2p.pdf |microarray}} | [[https://academic.oup.com/bioinformatics/article/23/8/980/198511/Analyzing-gene-expression-data-in-terms-of-gene|Goeman07]] | 
|  10        |  26.4.  |   JK  | Predikce sekundární struktury RNA | {{rna-secondary-jk-2p.pdf|RNA secondary}} | [[http://www.cs.utsa.edu/~jruan/teaching/cs5263_fall_2007/papers/how_to_predict_rna_structure.pdf|Eddy04]], Durbin's book, ch 9,10 |
|  11        |  3.5.  |  FŽ   | Modelování vyšších struktur proteinů, proteinové databáze. | {{structure.pdf}}  | {{rost.pdf}} |
|  12        |  10.5.  |  FŽ  | Genová ontologie, predikce funkcí genů/proteinů | {{GFP-Intro.pdf}} (do str. 23) |
|  13        |  24.5.   |  FŽ  | Modelování transkripčních a metabolických drah.   | {{networks.pdf}},{{BNs.pdf}} | {{science-2005-sachs-523-9.pdf|Sachs05}} |
==== Program cvičení =====

^ Cvičení    ^  Datum  ^ Učitel  ^ Osnova cvičení ^  Obsah   ^                             
|  1         |  22.2. | FM  | Úvod do předmětu. Přehled semestrálních prací. Biologický základ. Zadání samostatné práce: WEB SEARCH. | {{bin_cv_1.pdf}},{{bin_2014_tutorial_1.pdf}}, {{bin_2017_assignment_1.pdf}} |
|  2         |  1.3. | PR  | de Bruijn a Overlap grafy, Velvet tutorial | [[courses:bin:tutorials:tutorial2|Tutorial 2]] |
|  3         |  8.3. | PR  | Zarovnávání sekvencí DNA. Zadání samostatné práce: SEQUENCE ALIGNMENT. | [[courses:bin:tutorials:tutorial3|Tutorial 3]], {{bin_assignment2.zip}} |
|  4         |  15.3. | PR | BLAST, Star alignment, Clustal Omega. | [[courses:bin:tutorials:tutorial4|Tutorial 4]] |
|  5         |  22.3. | FM | Fylogenetické stromy. Odevzdání samostatné práce: SEQUENCE ALIGNMENT. | {{upgmanj.zip}}  |
|  6         |  29.3. | FM  | Fylogenetické stromy. Odevzdání samostatné práce: SEQUENCE ALIGNMENT. |  |
|  7         |  5.4. | FM | Pozorovatelné markovské modely. Samostatná práce CpG-ISLAND RECOGNITION |{{markov_chains_tutorial.pdf}},{{data.zip}} |
|  8         |  12.4. | FM  | Skryté markovské modely. Zadání samostatné práce GENE FINDING. |{{hmm_cv.pdf}}, {{assignment_gene_finding.pdf}} {{seq_8.zip}} |
|  9         |  19.4. | FM  | Skryté markovské modely. Odevzdání samostatné práce CpG-ISLAND RECOGNITION. Konzultace samostatné práce GENE FINDING. |
|  10         |  26.4. | JB | Genová exprese. Zadání samostatné práce GENE EXPRESSION. | {{ge_assignment.zip}},{{ge_seminar.pdf}} |
|  11        |  3.5.  | JB  | Struktura proteinů, práce s programem Modeller. | | 
|  12       |  10.5.  | JB  | Gene Ontology; Predikce funkcí proteinů pomocí Propozicionalizace |
|  13        |  17.5. |  |Úterní výuka, lichý týden. Odevzdání samostatné práce: GENE FINDING, GENE EXPRESSION.|   |
|  14        |  24.5. |  | Rezerva (letos nevyužito, cvičení se nekoná) | |


====Bodování samostatných prací====
^ Práce    ^  Body    ^  
|WEB SEARCH           | 5.b  |
|SEQUENCE ALIGNMENT   | 15.b |
|CpG-ISLAND RECOGNITION   | 5.b  |
|GENE FINDING      | 15.b |
|GENE EXPRESSION      | 10.b |