Skládání proteinů: vizualizace

Podle specifikací je součástí této úlohy skript na vizualizaci složených řetězců aminokyselin, display.py. Aby se dala vizualizace vytvořit, potřebujete znát jednak řetězec aminokyselin a jednak konfiguraci, jak se má řetězec ve 2D mřížce poskládat. Z těchto informací můžete určit pozice jednotlivých aminokyselin ve 2D mřížce.

Jakým způsobem pak co nejnázorněji řetězec poskládaný v mřížce odprezentujete, to už je na vás. Zde vám nabízíme několik možností, jak při vizualizaci postupovat. Při použití grafických knihoven se jistě naučíte nové věci.

Textový výstup

Snadno pochopitelná možnost, ale možná ne úplně nejjednodušší na implementaci. Příklad: mějme řetězec 0 1 1 1 1 0 a konfiguraci 1 1 -1j -1 -1. Výstup vizualizačního skriptu by pak mohl vypadat třeba takto:

o - * - *
        |
o - * - *

Knihovna matplotlib

Vizualizační grafická knihovna pro Python inspirovaná MATLABem.

Knihovna tkinter

Grafická knihovna, často instalovaná přímo s Pythonem.

Želvička

Nadšenci mohou třeba zkusit použít i želvičku (Turtle graphics).

Další možnosti

Existuje mnoho dalších možností, jak vizualizaci realizovat. Překvapte nás!

courses/b4b33rph/cviceni/protein_folding/vizualizace.txt · Last modified: 2018/07/17 13:25 (external edit)