==== Program přednášek =====

^  P  ^  Datum   ^  Učitel  ^  Osnova přednášek  ^  Obsah   ^  References  ^
|  1         |  23.2.   |  JK  | Úvod, ukázkové problémy bioinformatiky. | {{intro_2018.pdf|intro}} |
|  2         |  2.3.  |  JK  | Algoritmy pro sekvenování, optimální skládání fragmentů. | {{assembly_jk_2017_2p.pdf|assembly}} | [[http://vps.fmvz.usp.br/labmas/wp-content/uploads/2014/04/Artigo_3.2.pdf|Nagarajan13]], [[http://profs.scienze.univr.it/~liptak/MBD/files/nbt.2023.pdf|Compeau11]] |
|  3         |  9.3.  |  JK  | Srovnávání a zarovnávání biologických sekvencí. | {{pairwise_alignment_jk_2017_2p.pdf|alignment}} | Durbin's book |
|  4         |  16.3.  |  JK  | Algoritmus BLAST a jeho modifikace. | {{multiple_alignment_mod.pdf|multi align}}, {{blast_jk_2017_2p.pdf|BLAST}} |[[http://users.cis.fiu.edu/~giri/teach/Bioinf/Papers/GappedBLASTPaperNAR97.pdf|Altschul97]] |
|  5         |  23.3.  |   JK  | Fylogenetické stromy, využití hierarchického shlukování. | {{intro_phylogeny_2017_2p.pdf|phylogeny}},{{distance_phylogeny_2017_2p.pdf|dist_based}}| Durbin's book |
|  6         |  30.3.  |   JK  | Fylogenetické stromy, parsimony a pravděpodobnostní metoda. | {{parsimony_phylogeny_2017_2p.pdf|parsimony}}, {{prob_phylogeny_2017_2p.pdf|probablistic}}| Durbin's book |
|  7         |  6.4.  |  JK  | Teorie markovských modelů. | {{markov-chains-1.pdf|MC1}},{{markov-chains-2.pdf|MC2}}| Durbin's book |  
|  8         |  13.4.  |   JK  | Modelovaní genomických sekvencí markovskými modely, vyhledávání genů, profilové HMM. | {{HMMs-1.pdf|HMM}},{{hmm_applications_jk_2p.pdf|applications}} | [[https://www.cs.princeton.edu/~bee/courses/read/burge-jmb-1997.pdf|Burge97]] | 
|  9        |  20.4.  |  JK  | Analýza dat z vysoce paralelních měrení, detekce významných faktorů, prediktivní modelování. | {{high_throughput_mod.pdf|microarray}} | [[https://academic.oup.com/bioinformatics/article/23/8/980/198511/Analyzing-gene-expression-data-in-terms-of-gene|Goeman07]] | 
|  10        |  27.4.  |   JK  | (náhrada) |
|  11        |  4.5.  |  FŽ   | Modelování vyšších struktur proteinů, proteinové databáze. | {{structure.pdf}}  | {{rost.pdf}} |
|  12        |  18.5.  |  FŽ  | Genová ontologie, predikce funkcí genů/proteinů | {{GFP-Intro.pdf}} (do str. 23) |
|  13        |  25.5.   |  FŽ  | Modelování transkripčních a metabolických drah.   | {{networks.pdf}},{{BNs.pdf}} | {{science-2005-sachs-523-9.pdf|Sachs05}} |
==== Program cvičení =====

^ Cvičení    ^  Datum    ^ Osnova cvičení ^  Obsah   ^                             
|  1         |  23.2.   | Úvod do předmětu. Přehled semestrálních prací. Biologický základ. Zadání samostatné práce: WEB SEARCH. | {{bin_cv_1.pdf}},{{bin_2014_tutorial_1.pdf}}, {{bin_2017_assignment_1.pdf}} |
|  2         |  2.3.   | de Bruijn a Overlap grafy, Velvet tutorial | {{velvet_tutorial.zip}} |
|  3         |  9.3.   | Zarovnávání sekvencí DNA. Zadání samostatné práce: SEQUENCE ALIGNMENT. | {{bin_2014_tutorial_2.pdf}}, {{alignmentr.zip}}, {{bin_assignment2.zip}} |
|  4         |  16.3.    | BLAST, Star alignment, Clustal Omega. | {{multiplealignment_cv.r.zip}} |
|  5         |  23.3.   | Fylogenetické stromy. Odevzdání samostatné práce: SEQUENCE ALIGNMENT. | {{upgmanj.zip}}  |
|  6         |  30.3.   | Fylogenetické stromy. Odevzdání samostatné práce: SEQUENCE ALIGNMENT. |  |
|  7         |  6.4.   | Pozorovatelné markovské modely. Samostatná práce CpG-ISLAND RECOGNITION |{{markov_chains_tutorial.pdf}},{{data.zip}} |
|  8         |  13.4.   | Skryté markovské modely. Zadání samostatné práce GENE FINDING. |{{hmm_cv.pdf}}, {{assignment_gene_finding.pdf}} {{seq_8.zip}} |
|  9         |  20.4.  | Skryté markovské modely. Odevzdání samostatné práce CpG-ISLAND RECOGNITION. Konzultace samostatné práce GENE FINDING. |
|  10         |  27.4. | Genová exprese. Zadání samostatné práce GENE EXPRESSION. | {{ge_assignment.zip}},{{ge_seminar.pdf}} |
|  11        |  4.5.   | | | 
|  12       |  11.5.    | výuka dle čtvrtečního rozvrhu   |
|  13        |  18.5.   |Motivační příklady, zajímavosti (Gene networks, optogenetics...). Odevzdání samostatné práce: GENE FINDING, GENE EXPRESSION.|   |
|  14        |  25.5.   | Zápočty| |


====Bodování samostatných prací====
^ Práce    ^  Body    ^  
|WEB SEARCH           | 5.b  |
|SEQUENCE ALIGNMENT   | 15.b |
|CpG-ISLAND RECOGNITION   | 5.b  |
|GENE FINDING      | 15.b |
|GENE EXPRESSION      | 10.b |