====== Skládání proteinů: specifikace ======
<WRAP important round 70%>
Skript ''fold.py'' musí fungovat v Pythonu 3.4.x!
</WRAP>

Odevzdávat budete 2 skripty (oba nepovinně):
  * ''fold.py'' realizující algoritmus skládání sekvence aminokyselin a
  * ''display.py'', vizualizační část.

===== Hodnocení =====

  * až 3 body za pokročilost algoritmu skládání,
  * až 3 body za zobrazovací funkci,
  * až 4 body za výsledky, kterých dosáhnete v porovnání s vašimi kolegy (za postavení v žebříčku).

===== Specifikace pro fold.py =====
Úkolem skriptu ''fold.py'' je pro danou sekvenci aminokyselin najít co nejlepší konfiguraci z hlediska minimalizace volné energie.
  * **Vstup:** sekvence aminokyselin uložená v souboru ''sequence.txt''.
  * **Výstup:** navržená konfigurace uložená v souboru ''folding.txt''.

Další požadavky:
  * Navržená konfigurace musí mít o 1 prvek méně než vstupní sekvence aminokyselin.
  * Navržená konfigurace se nesmí křížit (na jedné pozici může být vždy jen jedna aminokyselina). Bude-li se sekvence křížit, je to považováno za chybu!
  * Skript má na nalezení konfigurace pro jednu sekvenci aminokyselin vždy **max 1 sekundu**.
  * Skript bude testován na sekvencích s délkou až 100 aminokyselin.
  * Skript by pro žádnou myslitelnou sekvenci aminokyselin neměl skončit s chybou nebo neošetřenou výjimkou.

Způsob hodnocení:
  * Skript odevzdáte (ve společném archivu s ''display.py'') do BRUTE.
  * Funkci skriptu v ideálním případě předvedete a vysvětlíte cvičícímu na posledním cvičení.
  * Skript se v BRUTE zúčastní turnaje. Pořadí v turnaji se určuje podle následujících pravidel:
    * Skripty se seřadí vzestupně **podle počtu chyb** (tj. podle počtu testovacích sekvencí, pro něž skript skončil s chybou).
    * Při rovnosti se skripty seřadí vzestupně **podle počtu time-outů** (tj. podle počtu testovacích sekvencí, pro něž skript neukončil svou činnost včas).
    * Při rovnosti se skripty seřadí vzestupně **podle součtu volných energií přes všechny sekvence**, pro něž výslednou konfiguraci našel včas.

===== Specifikace pro display.py =====
Úkolem skriptu ''display.py'' je co nejpřehledněji zobrazit danou sekvenci aminokyselin v dané konfiguraci.
  * **Vstupy:** sekvence aminokyselin v souboru ''sequence.txt'' a konfigurace v souboru ''folding.txt''.
  * **Výstup:** přehledné zobrazení složené sekvence aminokyselin, ať už v textovém nebo grafickém režimu.

Způsob hodnocení:
  * Skript odevzdáte (ve společném archivu s ''fold.py'') do BRUTE.
  * Skript předvedete a vysvětlíte cvičícímu na posledním cvičení!
  * Skript nebude nijak automaticky testován/hodnocen.

Další info:
  * Protože k řešení tohoto kroku můžete využívat i knihovny, které nejsou standardní součástí Pythonu (viz [[courses:b4b33rph:cviceni:protein_folding:vizualizace|]]), musíte sami zajistit, abyste byli schopni vizualizaci na posledním cvičení předvést, tj. např. přinést si vlastní notebook.
===== Formát souborů =====
Obě části úlohy zpracovávají (čtou nebo vytvářejí) soubory ''sequence.txt'' a ''folding.txt''. Oba soubory očekávejte/vytvářejte ve stejném adresáři, jako skripty ''fold.py'' a ''display.py''. Jejich formát je následující:

  * Soubor ''sequence.txt'' bude obsahovat vždy jednu sekvenci aminokyselin, tj. bude obsahovat jeden řádek, na němž budou jedničky a nuly oddělené mezerami, např.<code>
0 1 1 1 1 0
</code>
  * Soubor ''folding.txt'' bude obsahovat navrženou konfiguraci, tedy jeden řádek obsahující sekvenci jednotkových komplexních čísel (''1'', ''-1'', ''1j'', nebo ''-1j'') oddělených mezerami, tedy např.<code>
1 1 -1j -1 -1
</code>