====== A6M33LI – Lékařská informatika ====== ===== Prerekvizity ===== * Předpokládá se znalost (dovednost) programování v rozsahu předmětu [[https://www.fel.cvut.cz/cz/education/bk/predmety/13/91/p1391506|A7B36PJV]] nebo ekvivalentní.((Referenční předmět je "Programování v Javě", avšak Java zde není postatná. Podstatné je abyste znali a uměli použít jednotlivé techniky.)) * K těmto základním dovednost se ještě připojuje znalost práce s formáty jako je //xml// a //json//. * Základní znalost statististiky a metod strojového učení. * Zpracování úloh je možné v některém z následujících "jazyků": //Python, R, Matlab, Java, C#// ===== Přednášky ===== * Přednášky budou probíhat v termínech dle předchozí domluvy * Předpokládá se váš aktivní přístup k materiálům. ==== Materiály k přednáškám ==== * //Bezpecnost (cybersecurity basics)// {{:courses:a6m33li:180104_bezpecnost_2017.pdf|Stáhnout}} * **Konceptualizace, komunikace a reprezentace znalostí** {{:courses:a6m33li:Konceptualizace.pdf|Stáhnout}} * **Elektronický zdravotní záznam** {{:courses:a6m33li:EHR.pdf|Stáhnout}} * **Terminologie, klasifikační systémy, tezaury a nomenklatry ve zdravotnictví** {{:courses:a6m33li:StandardyTerminologie.pdf|Stáhnout}} * **Komunikační standardy ve zdravotnictví** {{:courses:a6m33li:StandardyKomunikace.pdf|Stáhnout}} * **Algoritmy umělé inteligence pro medicínu** {{:courses:a6m33li:ai4med.pdf|Stáhnout}} * //Přehled zdravotnických systémů// {{:courses:a6m33li:zdravotnictvi_overview2017.pdf|Stáhnout}} * //(starší verze přednášky) Elektronický zdravotní záznam, standardizace a komunikace// {{:courses:a6m33li:standardy_a_komunikace_2017.pdf|Stáhnout}} * DICOM: {{:courses:a6m33li:161006_dicom.pdf|DICOM}} {{:courses:a6m33li:161010_d2pacs.pdf|DICOM Networking}} {{:courses:a6m33li:abbrevs.pdf|Abbreviations}} * DICOM samostudium: [[http://dicomiseasy.blogspot.cz/2011/10/introduction-to-dicom-chapter-1.html|12ti dílný seriál o DICOM]], [[https://archive.org/details/DicomCookbook|DICOM Cookbook (Philips)]], [[http://www.dicomlibrary.com/dicom/sop/|DICOM SOPs]], [[http://dicom.nema.org/standard.html|DICOM NEMA Standard]] * Zdravotnické informační systémy[[http://bio.felk.cvut.cz/~huptycm/Vyuka/LI/Prednasky/ZdravotnickeIS.zip|Stahnout]] * Ontologie [[http://bio.felk.cvut.cz/~huptycm/Vyuka/LI/Prednasky/Ontologie.zip|Stahnout]] * Znalostní systémy [[http://bio.felk.cvut.cz/~huptycm/Vyuka/LI/Prednasky/ZnalostniSystemy.zip|Stahnout]] * Telemedicína [[http://bio.felk.cvut.cz/~huptycm/Vyuka/LI/Prednasky/Medetel.zip|Stahnout]] ==== Další materiály ==== * Národní strategie elektronického zdravotnictví {{:courses:a6m33li:narodni_strategie_elektronickeho_zdravotnictvi_v1.0.pdf|Stáhnout}} * Návrh zákona o elektronizaci zdravotnictví {{:courses:a6m33li:navrh_zakona_o_elektronizaci_zdravotnictvi.pdf|Stáhnout}} * Medical Guidelines [[http://bio.felk.cvut.cz/~huptycm/Vyuka/LI/Prednasky/MedicalGuidelines.zip|Stáhnout]] * The Future of Health IT [[http://bio.felk.cvut.cz/~huptycm/Vyuka/LI/Prednasky/Future_of_Health_IT.zip|Stáhnout]] * Příklady telemedicíny {{:courses:a6m33li:telemedicina_priklady.pdf|Stáhnout}} * Kardiotokografie {{:courses:a6m33li:KTG.pdf|Stáhnout}} ===== Náplň cvičení ===== * Také cvičení budou probíhat konzultační formou. * V rámci předmětu budete zpracovávat 3 samostatné úlohy. * Každá úloha je hodnocena 15 body. * Z každé úlohy je nutné získat alespoň 6 bodům. Pokud není této hranice dosaženo musí být úloha dopracována (viz podmínky zápočtu). * Celkový počet bodů ze všech úloh je 45 bodů. * Předpokládá se samostatná, aktivní práce a v případě potřeby je možné úlohy v rámci cvičení konzultovat. ==== Cvičicí ==== [[https://www.ciirc.cvut.cz/research/beat/|BEAT Research Group]] * Michal Huptych, email: [[Michal.Huptych@cvut.cz]] ==== Harmonogram a přehled úloh ==== * 1. 10. 2018 Úvodní cvičeníá. Přehled podmínek, dohodnutí formátu cvičení a přednášek. * 8. 10. 2018 Zadání 1. úlohy //Analýza a využití klinických dat z oblasti porodnictví// ({{ :courses:a6m33li:analyza_klinickych_dat.pdf |Stahnout zadání}}, [[http://bio.felk.cvut.cz/~huptycm/Vyuka/LI/2018/1_uloha/data_maturesingletons_a6m33li.xlsx|Stáhnout data]]) * 5. 11. 2018 Termín odevzdnání 1. úlohy. * 5. 11. 2018 Zadaní druhé úlohy //Klasifikační systémy a nomeklatury MKN-10, LOINC a SNOMED// ({{ :courses:a6m33li:vyuziti_terminologickych_systemu.pdf|Stahnout zadání}}, [[http://bio.felk.cvut.cz/~huptycm/Vyuka/LI/2018/2_uloha/MKN10_5.zip|Stáhnout data]]) * 3. 12. 2018 Termín odevzdání 2. úlohy. * 3 12. 2018 Zadání 3. úlohy //Využití komunikačních standardů HL7 v2.x, HL7 CDA a DICOM// ({{ :courses:a6m33li:Vytvoreni_komunikacni_zpravy.pdf|Stahnout zadání}}, [[http://bio.felk.cvut.cz/~huptycm/Vyuka/LI/2018/3_uloha/3_uloha.zip|Stáhnout data]]) * 7. 1. 2019 Termín odevzdání 3. úlohy ==== Odevzdání úloh ==== * Úlohy budou odevzdávány přes [[https://cw.felk.cvut.cz/brute/|UploadSystem]]. * Systém má zabudovánu kontrolu plagiátorství! ===== Podmínky udělení zápočtu ===== * Předmět je veden konzultační formou a tak jsou účast na přednáškách a cvičeních dobrovolné. Avšak velmi bych doporučoval udělat 3 cvičení, na kterých se budou probírat zadání úloh. * Pro získání zápočtu musíte odevzdat všchny úlohy. * Musíte získat v součtu minimálně 24 bodů ze všech úlohy. * Všechny úlohy musí splňovat minimální (povinně) body zadání, což odpovídá minimálnímu hodnocení 6 bodů. * V případě, že má úloha hodnocení nižší než 6, musíte úlohu přepracovat a odevzdat znovu (splnit minimální předpoklady). * Ostatní body (9 bodů) získáte za rozšířené body zadání. * Při nedostatečném počtu bodů pro získání zápočtu můžete vypracovat dodatečnou úlohu/úlohy, do naplnění potřebné hranice, je-li toto proveditelné. * Pokud nastane problém, je nutné jej řešit včas. Komunikujte. ===== Zkouška ===== * Předmět je zakončen písemnu a případně ústní zkouškou * Body získané v semestru jdou s vámi ke zkoušce a tvoří až (při nejlepším možném výsledku ze semestru) 45 % bodů, které můžete celkově u zkoušky získat. * Písemná zkouška je hodnocena maximálně 55 body. * Nutné minimum pro splnění zkoušky je 27 bodů. * V případě krajního výsledku, kdy chybí maximálně 3 body do lepšího hodnocení, je možná ústní zkouška. Tato varianta se nevztahuje na případ, kdy je písemná část hodnocena méně než 27 body.