===== Cvičení z předmětu Zobrazovací systémy v lékařství (A6M33ZSL)===== === Informace k organizaci cvičení === **Cvičení:** * pondělí 16:15-17:45 v učebně KN:E-132 (Karlovo nám.) **Cvičící:** * Jan Hering (JHe) (vedoucí cvičení) * Jiří Borovec (JBo) **Odkazy:** * {{https://www.fel.cvut.cz/cz/education/rozvrhy-ng.B172/public/html/predmety/16/67/p1667106.html|rozvrh ZSL}} * [[https://cw.felk.cvut.cz/brute/student|UploadSystem]] * {{courses:a6m33zsl:internal:matlab-tutorial.pdf|Matlab tutorial}} (cz) === Plán cvičení === ^Č. ^ Datum ^ Cvičící ^ Téma ^ Materiály ^ ^ 1.| Po 19.2.| JBo | Úvod do MATLABu, segmentace ve Fiji | [[courses:a6m33zsl:lab01_matlab_fiji | Stránka cvičení a zadání]] | ^ 2.| Po 26.2.| JHe | Segmentace v MATLABu, příklady z mikroskopie | [[courses:a6m33zsl:lab02_segm_micro|Stránka cvičení, zadání]]| ^ 3.| Po 5.3.| JHe | Registrace | [[courses:a6m33zsl:lab03_registrace | Stránka cvičení a zadání]] | ^ 4.| Po 12.3.| JHe | Počítačová tomografie (Přímá projekce). | [[courses:a6m33zsl:lab04_ct_fwd | Stránka cvičení a zadání]] | ^ 5.| Po 19.3.| JHe | Počítačová tomografie (Zpětná projekce). | [[courses:a6m33zsl:lab05_ct_bwd | Stránka cvičení a zadání]] | ^ 6.| Po 26.3.| JHe | Ultrazvuk | [[courses:a6m33zsl:lab06_usound | Stránka cvičení a zadání]] | ^ --| Po 2.4.| -- | //Velikonoční pondělí// | | ^ 7.| Po 9.4.| JHe | Ultrazvuk II | [[courses:a6m33zsl:lab07_usound2 | Stránka cvičení a zadání]] | ^ 8.| Po 16.4.| JHe | MRI I - Blochovy rovnice | [[courses:a6m33zsl:lab08_mribloch | Stránka cvičení a zadání]] | ^ 9.| Po 23.4.| JHe | MRI II - Rekonstrukce obrazu | [[courses:a6m33zsl:lab09_mrirecon | Stránka cvičení a zadání]] | ^ 10.| Po 30.4.| JHe | Diffusion MRI| [[courses:a6m33zsl:lab10_dti | Stránka cvičení a zadání]] | ^ 11.| Po 7.5.| JHe | f-MRI | [[courses:a6m33zsl:lab11_fmri | Stránka cvičení a zadání]] | | ^ 12.| Po 14.5.| JHe | PET | [[courses:a6m33zsl:lab12_pet | Stránka cvičení a zadání]] | ^ 13.| Po 21.5.| JHe | Příklady ke zkoušce a zápočty. | [[courses:a6m33zsl:lab13_exercises | Stránka cvičení a zadání ]] | /*[[courses:a6m33zsl:lab_microscopy_exs|zadání]] | ^ 2.| Po 27.2.| JHe | Mikroskopie - segmentace ve Fiji a Matlabu. | [[courses:a6m33zsl:lab_microscopy_segm|zadání]] | | ^ 3.| Po 6.3.| JHe | Registrace obrazů (Fiji). | [[courses:a6m33zsl:lab_regist_fiji|zadání]] | ^ 4.| Po 13.3.| JS | Počítačová tomografie (Přímá projekce). | [[courses:a6m33zsl:lab_ct_projection|zadání]] | ^ 5.| Po 20.3.| JS | Počítačová tomografie (Zpětná projekce). | [[courses:a6m33zsl:lab_ct_backprojection|zadání]] | ^ 6.| Po 27.3.| JHe | Počítačová tomografie (Iterativní algebr. rekonstrukce). | [[courses:a6m33zsl:lab_ct_iterativni|zadání]] | ^ 7.| Po 3.4.| JHe | Ultrazvuk - zpracování naměřených dat. | [[courses:a6m33zsl:lab_us_processingA |zadání]] | ^ 8.| Po 10.4.| JHe | Příklady na téma rentgenové záření a ultrazvuk. | [[courses:a6m33zsl:lab_exercises_rentgen_us|zadání]] | ^ | Po 17.4.| - | //Velikonoční pondělí// | | ^ 9.| Po 24.4.| JHl | Demo - ultrazvuk s lékařem | [[courses:a6m33zsl:lab_ultrazvuk_lekar |zadání]] | ^ | Po 1.5.| - | //Svátek práce// | | ^ 10.| Út 2.5. | JHe | MRI - Blochovy rovnice. | [[courses:a6m33zsl:lab_mri_bloch |zadání]] | ^ | Po 1.5.| - | //Den vítězství// | | ^ 11.| Čt 11.5.| JHe | MRI - rekonstrukce obrazu. | [[courses:a6m33zsl:lab_mri_reconstruction |zadání]] | ^ 12.| Po 15.5.| JS | fMRI - t-testy. | [[courses:a6m33zsl:lab_fmri_t_tests |zadání]] | ^ 13.| Po 22.5.| JHe | Příklady ke zkoušce a zápočty. | [[courses:a6m33zsl:lab_exercises_other |zadání]] | */ === Předpoklady pro absolvování cvičení === * **Seznamte se vždy dopředu** s obsahem cvičení * Předpokládáme alespoň základní **znalost prostředí Matlab**, pokud si znalosti chcete osvojit, doplnit či připomenout, doporučujeme následující {{courses:a6m33zsl:internal:matlab-tutorial.pdf|tutoriál}} (cz) a další materiály z [[https://www.google.cz/webhp#newwindow=1&safe=off&q=Matlab+tutorials|webu]]. * Jak získat školní licenci Matlabu si přečtěte [[courses:a4b33opt:cviceni:matlab|zde]]. * //Nebojte se v případě problémů konzultace na cvičení// == Podmínky pro získání zápočtu == * Je nutné odevzdat všechny domácí úlohy * Dále je nutné získat alespoń 20% bodů z maxima z každé odevzdávané úlohy. * V součtu všech odevzdávaných úloh je potřeba získat alespoň 50% bodů z celkového počtu. == Vypracování a odevzdávání úloh == * Úlohy vypracovávejte samostatně. * Ke každé úloze je potřeba vypracovat zprávu, případně napsat krátký program, funkci v MATLABu apod. * Zprávy ze cvičení odevzdávejte pomocí [[https://cw.felk.cvut.cz/brute/student|Upload Systému]] nejpozději v **pondělí jeden týden po cvičení do 12:00**. * Pro každou úlohu odevzdávejte zprávu ve formátu **pdf** a vámi napsaný kód ve formátu uvedeném v zadání. == Hodnocení úloh == * Za každou úlohu je možno získat maximálně **5 bodů** (rozdělení bodů bude uvedené v zadání) * Pří pozdním odevzdání se automaticky odečítá **0.5 bodu** za **každý den** zpoždění. * Je možné zprávu po ohodnocení na požádání opravit, za extra kontrolu budou odečteny 2 body (např. zpráva byla odevzdána a ohodnocena 1 bodem z 5, pokud zprávu nahrajete znovu a budete žádat její opětovnou kontroly, můžete získat max 3 body) * Pracujte samostatně -- zprávy i kódy jsou kontrolovány na přítomnost **plagiátů**. Jak se postupuje v případech opisování si můžete přečíst [[http://cw.felk.cvut.cz/doku.php/help/common/plagiaty_opisovani|zde]] (z textu plyne, že podmínky zápočtu uvedené nahoře, jsou nutné, nikoliv postačující). * **Vzorové zprávy** si můžete prohlédnout {{:courses:a6m33zsl:vzor-zpravabalco.pdf|zde}}, {{:courses:a6m33zsl:vzor-zpravajirik.pdf|zde}} nebo {{:courses:a6m33zsl:vzor-zpravakrizova.pdf|zde}}. * Každá zpráva by měla obsahovat: nadpis, jména autorů, stručný popis úlohy (viz zadání cvičení), ilustrační obrázky s popisky (pokud jsou požadovány), zhodnocení s popisem vlastního postupu (je-li nějaký) a závěr. * Za nedodržení těchto pravidel pro psaní zpráv, budou strhávány body v řádu desetin (0.1-1.0) za každou z nich, pokud se chyby budou u jednotlivých studentů opakovat, budou se strhávané body postupně zvyšovat. * Pokud bude zadána struktura (hlavička s definovanými vstupy) požadovaného M-filu (funkce) a student ji nedodrží, úloha se považuje za nesplněnou. * Domluva jiného harmonogramu odevzdání pro nestandardní situace (nemoc, stáž v zahraničí) je možná. U plánovaných akcí (stáž v zahraničí) je nutné se domluvit **předem**. //Mnoho zdaru.//